許多教師受到聖母院(Notre Dame)主教學校的聲望而來到巴黎，逐漸發展成巴黎大學，其校長原本是有權監管學校和頒發授課證書的牧師會官員，牧師會允許他們認同的教師在西提島(Ile de la cite)大教堂附近教書，教師在這附近租房子，並向學生收學費，校長會頒發學位給學生。但校長跟教師摩擦時有所聞，隨著時間的轉移，教師開始將據點轉向，西提島對面的山上，名為聖熱那維埃夫修道院(St. Genevieve)，逐漸地，聖熱那維埃夫修道院附近的土地到塞納河的坡地，變成巴黎學校的場地，巴黎大學後來即建立於此，即拉丁區正中心，西提島則逐漸被遺忘。1200年，法王腓力二世(Philip II Augustus)給予巴黎大學的學者與學生特許權。1229年，教師們越過主教學校校長，請願於教皇，1231年，教皇格里高理九世(Pope Gregory IX)頒發敕書，大學教師獲得自主，然後大學教師、地方教會與教皇之間，彼此勢力仍有拉鋸，教皇有時亦會支持他的地方教會，教師為爭取更多自主，成立教授會（faculty），自主管理，以免受到其他勢力干涉，但仍時常與其他勢力起衝突。巴黎大學先有神學、法學、醫學教授會，之後文學教授會才出現。神學院、法學院、醫學院、文學院也相繼成立。每個教授會為各自的學院選出院長(Dean)。在巴黎大學中，以文學院的教授為最多，勢力也最大，其院長被稱為Rector，意即ruler，後來成為巴黎大學實際上的校長。