馬雅古典文明成為昨日黃花後，有許多中央低地區城邦的統治階層帶著人民向北方遷徙，到達猶加敦半島尋求生存，建立了奇琴?伊察、烏斯馬爾、馬雅潘、土倫等城市，形成900?1525年間的馬雅後古典時期。此時墨西哥高原的托爾特克人前來，使馬雅文化面貌產生變遷，其特徵是外族人移入與文化移植、鄰近城邦間不斷的爭奪與衝突、政治分裂、極度重視活人獻祭，以及藝術、建築、雕刻技能的衰敗。如以前國王每十年豎立人像雕刻紀念石柱，現在已不再建立，長紀年曆也不再使用，而神廟與建築也不如過去高聳雄偉，顯現統治階級與祭司等高度專業人才的能力大不如前。馬雅後古典文明是建立在猶加敦半島乾旱貧瘠的土地上，農業經濟壓力不小，這種先天不足的背景，整體社會與文化的退化無可避免，注定了後古典文明的衰微。受托爾特克宗教的影響，馬雅人開始大量以人牲祭神，使原本鮮少干戈相向的馬雅人，大邦與大邦之間戰爭頻仍、相互傾軋，戰敗者淪為神的祭品。鄰近小邦被掌權大邦壓榨，馬雅一般人民生活之痛苦可想而知。奇琴?伊察、烏斯馬爾掌握權勢200年後，被馬雅潘徹底擊敗，而馬雅潘領導200年後，各小邦群起反抗，終於不再有超級強權，小邦市鎮各自為政，文明不再顯著燦爛，馬雅文明的後古典時期也宣告結束。就在此時，西班牙航海家遠渡大西洋來到新大陸，馬雅人將被征服!馬雅後古典時期先天已不良，政治又動亂不止，而馬雅文明最高度發展的特質如文字、天文、曆法、數學等研究，亦逐漸衰微的原因何在？學者究其原因，以為問題根源在祭司集團對精深學問的壟斷。因為長久以來，馬雅人的宗教觀念、學問知識大都經由「祕傳」，只有少數人能進入菁英階層，其中經過長時間培養訓練，直到通曉複雜文書、天文曆法等精深知識而擔任祭司工作的人數更是少之又少。所以，當然他們在社會上可以享有極高的尊崇與物質的享受，但這也是極大危機所在，因高深文明根本與一般人民劃清界線，故一旦在戰爭、疾病或故意毀滅等因素摧殘下，菁英的祭司階層的死亡與耗盡，其文明只有亡失一條路可行，令人不免為之唏噓！十五世紀中葉，猶加敦半島北部各城邦在人民反抗的動亂後，形成各自為政的狀態，馬雅文明的後古典時期也進入尾聲。數十年後的1492年，西班牙航海家哥倫布來到新大陸。1519年，另一位西班牙航海家埃爾南?柯爾特斯（Hernan Cortes）航抵猶加敦半島的干貝切灣（Campeche），他利用馬雅各城邦之間的仇恨不合，挑撥離間，花了20年光陰，在1546年征服了猶加敦半島。此時，西班牙天主教傳教士為了傳教，破壞馬雅偶像、燒毀廟宇、處死主持或參加祭典的馬雅人。馬雅原有的各種祭儀、天文觀測、象形文字、雕刻繪畫活動均被認為是魔鬼唆使的行為，在否定詆毀中嚴加禁止。此時，西班牙人帶來的可怕傳染病肆虐，馬雅人哀鴻遍野，毫無抵抗能力。在菁英階級獨有的紙鈔本珍貴書籍被焚燒殆盡時，馬雅精深的文明終於亡失。最後，在叢林中奮力反抗到1697年3月，馬雅人徹底被征服。