1941年太平洋戰爭爆發，戰火延燒到臺灣，醫學教育亦受到影響。醫學教育機構方面，1944年底台北帝國大學「醫學部」，因台北受到美機定時轟炸，「大學醫院」及「醫學部」學生、員工不得不停止上課及門診，所有病人及醫護人員都躲到防空洞，醫院的運作幾乎癱瘓，「醫學部」教授會議決定疏散計畫。基礎學科及耳鼻咽科疏散到溪州，「大學醫院」則疏散到大溪國民學校，建立「臨時大學醫院」，1945年3月正式運作。1945年5月31日，台北的「大學醫院」遭受轟炸，「醫學部」正式疏散到大溪國民學校上課。台北帝國大學「附屬醫學專門部」的處境亦然。作為其實習醫院的「日本赤十字社臺灣支部醫院」(簡稱日赤醫院) 於1941年受到軍部要求擴建成軍用醫院，未果。1942年「臺灣奉公醫師團」成立，許多畢業生受到徵召入伍，後來「日赤醫院」許多醫師及「附屬醫學專門部」教員也受到徵召。「附屬醫學專門部」於1945年初疏散到台北郊外的文山郡安坑國民學校，「日赤醫院」由於懸有「紅十字會」標誌的旗幟在屋頂而未受轟炸，仍可進行三、四年級學生的臨床教學，後來軍部使用「日赤醫院」為陸軍台北醫院。1945年8月戰爭結束，「附屬醫學專門部」遷回台北校區。為配合戰爭需要、人力動員，醫學教育機構修學期限盡量縮短。因為戰事擴大，日本當局決定將學生提早動員，投入戰爭，於是縮短大學修業年限。1941年12月26日，打破每年三月份例行畢業式，舉行第二度畢業典禮，例如「醫學部」第二屆和第三屆都是1941年畢業，而第四、五、六屆紛紛提前於1942、1943、1944年畢業；第七屆、第八屆同於1945年畢業。除了修業年限縮短外，戰時動員人力物力，學生被徵召為「學徒兵」而無法上課，加上空襲的影響，教育效果相當有限。