1897年臺北病院院長山口秀高試辦「土人醫師養成所」(即「臺北病院附屬土人醫學講習所」)，主要招收「國語傳習所」日語教育六個月以上的臺灣人，起初招生不易，幸而甚多馬偕創辦的牛津學堂、偕醫館子弟參加。1899年「臺灣總督府醫學校」成立，山口擔任第一任校長，「講習所」學生?入「醫學校」，新式醫學教育正式開始。1918年「醫學校」設置「專門部」，招收中學畢業生，修業年限四年，為專科學制的開始。相較於「醫學校」招收臺灣人，「專門部」僅招收日本人子弟，隔年「醫學專門學校」設立，「專門部」學生遂併入「醫學專門學校」。1919年臺灣總督府公佈〈臺灣教育令〉設置專門學校以實施專科教育，「醫學校」於同年四月升格為「醫學專門學校」，學制為八年制，預科四年，本科四年，同時設立「熱帶醫學專攻科」，招收日本國內學生就讀，修業一年，為全日本唯一的熱帶醫學課程。1922年「醫學專門學校」改稱「臺北醫學專門學校」，簡稱「臺北醫專」。1936年「台北帝國大學」成立「醫學部」，招收高等學校畢業生，修業年限四年，畢業後授與醫學士學位，並具醫師資格，為臺灣醫學士教育的開始。1938年「台北醫院」改名「台北帝國大學醫學部附屬醫院」(簡稱帝大醫院)，隸屬「台北帝國大學醫學部」，使醫療服務、教學、研究三者為一體。在此之前，「醫學校」、「台北醫專」及「台北醫院」都是不同的行政機構，聯繫關係薄弱；「帝大醫院」成立後，使大學醫院正式成為「醫學部」學生的實習場所，教師亦為主治醫師，診療、教學、研究合而為一，奠定大學醫院在學術上與教學上的地位。「台北帝國大學」成立之後，由於帝國大學經費較充裕，「台北醫專」校長堀內次雄等人建議將「台北醫專」從總督府管轄改為隸屬於「台北帝國大學」，獲得許可，「台北醫專」遂於1936年4月改名為「台北帝國大學附屬醫學專門部」，招收中學畢業生入學，修業年限四年，可說是「台北醫專」的延續，原醫專校長堀內次雄辭職，由醫學部部長主理事務。換言之，此時「台北帝國大學」同時有「醫學部」與「附屬醫學專門部」存在，基本差異在於入學資格的不同，而學生畢業後，前者有醫學士學位，後者沒有醫學士學位，但都具有醫師資格，可在日本任何地方執業。