明清時期出現了不少新的宗族制度，除了政府施行的政策之外，許多士大夫的提倡亦是重要因素。以下就舉明代學者宋濂、楊士奇，清代學者朱次琦為例，敘述明清時期學者對於宗族制度的認識與看法。宋濂是明初著名的文人，也是明太祖朱元璋倚重的重要謀士，他的宗族思想是為了移風易俗而提出，即是通過教化以治理宗族，進一步以此改造社會。他的宗族理想是「化同姓之親以美天下之族」的族治理想，而士人便是推動此一理想的重要人物。為了實踐他的宗族理想，宋濂主張舉行族會教化族人、建立祠堂祭祀祖先、編修族譜以追崇祖先，實施教化。相較於前代士人的主張，宋濂以宗祠為主要教化場所與賦予族譜世教的功能，都是前所罕見的提議。在所有宗族類型裡，義門(累世同居共財的宗族)最受宋濂的推崇，他強調必須以義門來改變天下的風俗習慣。楊士奇的宗族思想，主要體現在故家問題上頭。所謂的「故家」，在楊士奇的想法裡，指的是宗族即要有以文行、善行名世的祖先，又要有此種祖業的繼承者。基於這種認識，他闡述了族譜的重要性以及對族譜功能的看法。他認為族譜是一個宗族的重要標識，表明祖先擁有光榮的歷史，以此有別於一般的暴發戶。昭先啟後是楊士奇對於譜族功能的主要論述，後代族人更可因族譜的流傳而受到祖先良好德行的啟發向善。清人朱次琦在二十世紀廣為人稱道，原因在於他的思想以及對譜牒學的貢獻。朱次琦對譜牒學的貢獻，主要有以下三點：第一是集古代(尤其是清代)修譜體例和方法之大成，不但使自己的宗族，也讓當時的其他宗族在編修族譜時，有了遵循的準則。朱次琦所主張的修譜體例有十種，分別是名譜、分編、宗支譜、恩榮譜、祠宇譜、墳塋譜、藝文譜、雜錄譜、家傳譜、全譜沿革從違之例，對於每種體例的寫法，皆有明確的說明。第二是重視實證的修譜思想。在修譜的過程中，凡事皆有文獻的依據，絕對不憑傳說或臆測褒美祖先的事蹟。第三是勾勒出中國譜牒學史。朱氏把譜牒學史劃分為以下四個時期：先秦時期，譜牒學伴隨宗法制而興起，此為第一個時期；漢代譜學不盛，這是因為漢朝君臣大多為平民出身，不知家世，故不需譜牒學，此為第二個時期；魏晉至隋唐實施世族制(或稱為士族制)，人們不論在任官或聯姻上，都十分注重家世，故需要譜牒以資證明，所以譜牒學又復興，此為第三個時期；五代之後，譜牒學一方面受到重視，一方面又遭到時人偽託假造，為了恢復譜牒的可信度，人們努力考證族譜，此為第四個時期。朱次琦對族譜的這些看法，促使他成為譜牒學上的一代大師，受到人們的推崇。