明清時期的宗族祭祀產生了許多新的變化。以家廟祭祖制度而言，此時官民皆可以祭祀始祖，常祭時也可以祭祀四代祖先，而祭祖權力下移，部分士人已經可以建立家廟。宗族制度雖有一定的規範，但官民大多違禮逾制，政府亦採取默許的態度，結果導致宗祠的普遍化。明朝建立之初，宗族祭祀仍然沿續朱熹在《家禮》中的規定。宗族祭祀的對象，官員可以祭祀高、曾、祖、禰(先父)四代祖先，平民則是祭祀祖、父兩代祖先。洪武十七年(1384年)，朝廷接受行唐縣知縣胡秉中的建議，擴大了平民祭祖對象至曾祖父輩，同時規定士大夫祭祀祖先的牌位順序，由原本的自西向東排列改為左昭右穆的形式。明世宗即位之初，「大禮議」的爭議成為當時的朝廷大事。此一禮儀爭議的結果，在明世宗的堅持下，尊生父興獻王為皇考，而將孝宗尊為皇伯考。在此同時，嘉靖十五年(1536年)，明世宗接受夏言的建議，下詔允許臣民可以祭祀始祖。此詔令引起當時人民修建宗祠以祭祀始祖的熱潮。清代實施宗族祭祀時，針對不同身分而有不同的規定。大體而言，不論官民，皆是祭祀高、曾、祖、父四代祖先。官民之間的差異在於，清代禮制並不允許民間建立家廟以祭祀遠祖，不過民間往往違禮逾制，產生了宗祠、家廟相混的現象。