明代的科舉與學校制度，對於追求功名者有豁免賦役的優待。因此造成了百姓用「投獻」或「詭寄」的方式，將田土寄籍於這些特權人士的名下，因此加速了土地兼併；另一方面，由於這些特權人士雖有功名，但絕大多數都是生員、監生或舉人，能考取進士而得到任官者實屬少數。因此這些有特權卻不得任官的人，形成了官僚與百姓之間的另一個階層，也就是所謂的「士紳」、「鄉紳」或「紳士」。但由於士紳階層佔總人口的比例極為有限，對於促進社會垂直流動是有限的。此外，明代科舉制度的公平性，除了考慮考生競爭機會的均等之外，還要考慮到地域的平衡。如江南人擅長文辭，在科舉考試中佔有絕對優勢，明朝為防止政權為江南人所壟斷，故放棄了考試競爭機會的平等，而以追求人才的區域平衡為目標。因此，不但進士的錄取名額有南卷：北卷：中卷為55：35：10的規定，各省舉人參加會試的名額（解額）也有數量的限制，其目的即在於追求人才的區域平衡。士紳階層固然可以視為介於官僚與百姓之間的中間階層，但是由於士紳（有科舉或學校的學位，但未能入仕者）與官僚之間，有複雜的座主、門生、同年、同鄉關係，又可藉著書院、講會、詩社等活動相結合，因此有時也可與官僚視為同一階層。當官僚士紳階層形成之後，在明末出現了所謂的「鄉紳公議」、「士人公議」，在政治上產生了相當的影響力，如反稅監運動、東林運動、反魏忠賢運動等。對國家權力的貫徹有不利的影響。所以明朝政府也有關閉書院、禁止結黨的對策。但明朝仍不得不向紳士妥協，透過紳士來開展鄉約、保甲、善堂、義莊、水利工程等地方事業，形成國家權力與官僚士紳勢力互相依存的結構。