乙未抗日運動終究在日軍強大的軍事力量及缺乏外援的情況下失敗了。然在日本的殖民統治下，前仆後繼的武裝抗日運動仍然連年持續不斷，這時遍布全台的民間武裝成為抗日的主力。一八九五年十月二十三日，台灣總督樺山資紀在佔領台南後，向大本營報告：「如今，台灣本島已悉歸平定。」然而，同年十一月三十一日便發生金包里事件，十二月二十八日又有台北城事件，十二月二十九日又有四分仔事件。換言之，總督府宣告全台平定的消息，只不過是樂觀的看法而已。從一八九五年至一九０二年，每年都有武裝的抗日活動發生，一九０二年到一九０七年武裝抗日活動較為趨緩，但是到了一九０七年北埔事件後，再度掀起另一波的武裝抗日運動。據估計，一八九八年至一九０二年間，有一萬一千九百五十人因抗日而遭殺戮，其中根據「匪徒刑罰令」判處死刑的有二千九百九十八人。從一八九五年到一九一五年，也就是由乙未抗日到?吧哖事件為止，二十年間總共發生一百餘次事件，被逮捕處以死刑的有四千二百三十八人，無期徒刑的有六百九十三人，而實際上死亡的人數則可能超過這個數字。何以武裝抗日運動如此前仆後繼？異族的入侵及統治必然會引起住民的反抗。在一八九五年台灣住民，聽到清政府將台灣割讓給日本甚或日軍將至台灣，便有義軍與民兵的組成，來反抗異族的統治。當統治權更換時，由於權力結構的改變，必然會引起既有勢力者的反彈，並且對既得利益者產生衝擊。如此的情況下，反抗及衝突必然產生，富有資產者、地方富豪、土著勢力等乃起而反抗。有學者提出，這樣的反抗方式是傳統性的，可視為清代聚眾抗官的延長。另外，他們起而武裝反抗，其原因除了維護自身利益外，各鄉村自衛抵抗外來入侵、民族意識、社會結構的變化等都是其重要的原因。綜觀一八九五年至一九一五年，在日軍強大的武力鎮壓下，仍不斷有武力抗爭。一九一五年後雖仍有一九三０年霧社事件的武裝抗爭，但屬於零星個案。一九一五年後，台灣抗日運動由武裝抗日轉變為非武裝的抗日運動。換言之，抗日運動由傳統武裝抗日的民族運動，轉變為近代型態的民族運動。早期反對異族統治，帶有濃厚民族情緒性格，表現出「反日復清」的政治態度產生了變化。首先，武裝抗日的犧牲慘烈，使得台灣民眾認識到武裝抗日運動的不可行。台灣的武裝抗日運動，缺乏強大的武力和外界的支援，再加上日本政府大規模的搜捕和嚴密的監控，所以往往在事發之時，就被日軍以優勢的武力折服或是查獲，每每犧牲慘重，故而放棄傳統上流血的武裝抗爭。其次，台灣的領導階層產生了變化，清國的遺民、倡導武裝抗日的領導階級漸漸衰落，代之而起的抗日領導者，是一批新興的知識份子。這批新興的領導階層，主要受的是新式的日本教育，在日本的統治下長大。另外，國際環境因素的影響，也是導致台灣抗日運動變化的重要原因。此時抗日運動已經不再是情緒激動的民族主義，而是較理性的近代民族運動，也是世界反帝國主義潮流中的一環。