為有效開發和利用台灣的資源，後藤新平積極致力於「基礎工事」的整備，尤其是公路、鐵路、港口等交通網的建造。公路方面，日治初期台灣幾乎沒有公路，只有連接村落與村落、村落與市街之間的小道，後藤新平任內修建的公路寬2公尺者有5500公里、寬2-4公尺者有2900公里、寬4-5公尺者有800公里、寬5公尺以上者有80公里，這些公路大部分都是以歸順的抗日份子和住民義務勞動完成的。鐵路方面，清領時期完成基隆至新竹間的鐵路約有90公里，後藤新平主張鐵路官有論，編列3000萬圓的鐵路修築費。1899年，制定台灣事業公債法，提出6000萬圓的事業公債計畫，以確保財源；並且設立鐵道部，自任部長，延攬鐵路技師長谷川謹介負責設計、督造，而於1908年完成基隆到高雄的縱貫鐵路，開始從事客、貨運輸，開啟台灣陸路交通的新紀元。