後藤新平一方面對台灣人施加苛酷的控制，另一方面利用懷柔政策，消弭臺灣人的抗日情緒。他認為，臺灣人有三個弱點：（1）怕死，在高壓和威嚇下就會軟弱；（2）愛錢，因此容易被利誘；（3）愛面子，因此容易被虛名利誘。進而利用他觀察到的臺灣人的弱點，展開治台政策。為了懷柔臺灣人，不僅招待八十歲以上的臺灣老人出席「饗老會」，邀請讀書人參加發表詩作或吟詩的「揚文會」，並且優待士紳和名士授與「紳章」。此外，承襲第三任臺灣總督乃木希典的「土匪招降策」，根據「匪徒刑罰令」第六條的規定「犯本令之罪者向官府自首時，量情減輕或全免其刑。免刑時加以五年以下的監視予以獎勵投降。」除了赦免投降者的罪名之外，並給與創業的資金和工作，甚至命令他們建設道路。「土匪」投降時，後藤新平舉行隆重的「歸順儀式」。為了防止他們再次犯罪，將投降者照相並登錄姓名。在後藤新平軟硬兼施的策略下，至1906年後藤新平離開台灣時，大規模的武裝抗日運動幾乎完全銷聲匿跡。