「首輔」即是內閣大學士的領導人。明代內閣大學士人數多寡不一，皇帝可能對其中一人諮詢較頻繁，但是就名義上而言，他和其他幾個大學士仍處於平等地位，只是由其領銜負責協調和綜合意見。但是，明武宗以後，內閣的權力再次獲得提升，特別是得以兼掌吏部和都察院。吏部掌官員進退，都察院則可控制言路，掌握輿論，內閣侵奪了部、院的權力，在一定程度上發揮了監督百官行政的職能。並且，此時在制度上，「首輔」得以推薦官員入閣，大學士的職責即是為「首輔」辦事。因此，作為領頭的「首輔」（往往為兼任部職者），逐漸成為內閣權力的核心，也促成了閣臣對「首輔」一職的爭奪，此後的內閣首輔如世宗時的張璁及其後繼任的夏言、嚴嵩等人，穆宗時的高拱、神宗時的張居正，皆是在首輔的爭奪中上台或下台者。首輔的權力雖大，也曾出現「輔相」之類的稱呼。例如，張居正當國之時，內閣地位達至頂峰，「赫然如真宰相」。但是，實際上這並不合於制度。首先，內閣始終不是法定的最高行政機構，首輔也非最高的行政長官，並無法名正言順的總領百官。因此，當首輔無宰相之名，卻想行宰相之實的時候，便會被視為權臣，遭受到「違法亂制」的批評。其次，內閣只是皇帝的近侍機構，屬於內廷系統，並非正式的行政機構。因此，明代閣臣的選任雖然有由吏部會同官員廷推的方式，實際上，卻和由皇帝親自拔擢入閣的特簡一樣，都會受到皇帝意志的左右。假如皇帝對廷推入閣的人選不滿意，可以全盤推翻，重新再推，直至皇帝滿意。最重要的一點，閣權只有獲得皇帝的認可和支持才能發揮作用。張居正之所以能總攬大權，指揮各部，推動改革，即是因為神宗初年時他能擁有皇帝和太后的信任。但是在他過世之後，神宗收回大權，其繼任者的閣權即急遽下降，甚至無足輕重。