明太祖廢相之後，皇帝的輔政系統也消失了。在新的監察體制下，各部變得唯唯諾諾，惟皇命是從，國家事務大小皆由皇帝一人決定，繁重的政事，令他不勝其勞。但是，明太祖又不願恢復相制，於是他先設置春官、夏官、秋官、冬官四輔官，以博學的耆儒擔任，職掌在與君主講論治道，衡鑑人才，對判決有疑點的刑案，有封駁之權。其後，罷四輔官，改置殿閣大學士，秩正五品。不過，無論是四輔官或大學士，皆不得過問實際政事，協助皇帝理政機構的問題仍然未獲得解決。明成祖即位之後，開內閣於文淵閣，命翰林院儒臣解縉、胡廣、楊榮、楊士奇、胡儼等人入閣參預機務。大學士原是皇帝身邊的文學侍從官員，是殿試時名列前矛得以進入翰林院博覽群書進修深造者中，幾經升轉，表現最突出的人才，職責在於為皇帝撰擬詔誥，潤色皇帝批公文的文句。由於文淵閣是皇帝私人的文書機構，和皇帝較為接近，在沒有丞相輔佐代理的情況下，它的職權也隨著處理政事的需要而越來越大，成為皇帝身邊的秘書和顧問。內閣大學士突破了洪武時不得干政的限制，可以合法參與議政，不過尚未具有制度化的權力。其次，內閣實際上類似於翰林院的「內署」機構，官員品秩不高，而且無法干預朝廷各部諸司，對國家的影響力仍然相當有限。內閣制度成熟和完備的關鍵，在於「票擬制度」的出現。在此之前，內閣處理章奏，只侷限於評議和封駁，而無權代替皇帝批答擬旨。「票擬」首次出現於宣宗之時，但是被賦予這項權力的大臣，並不限於大學士，自英宗之後，才專命內閣。此後，凡是中外章奏，多經由內閣大學士先用小票墨書一二意見或建議，然後貼於章奏之上，再進呈給皇帝決定，又稱之為「條旨」。內閣票擬之後，經由皇帝以硃筆御批，才成為正式的詔命。皇帝的硃批大多數情況是依照內閣票擬的意見，有時則做輕微的改動，如果皇帝不同意，即可發還內閣重新草擬，或是親自進行修改。內閣大學士的地位則是透過皇帝的封賞加銜，逐漸地獲得提升，以增加其影響力。例如，仁宗時，因為楊士奇、楊榮等人皆是他在東宮當太子時的輔佐官員，而封賞士奇為禮部侍郎兼華蓋殿大學士，榮為太常卿兼謹身殿大學士，其後楊士奇等皆遷尚書，並且晉陞為少師、少保、少傅三孤之官。明代內閣首輔為大學士加封尚書或三孤等官銜，遂為定制。