民國二十六年（1937）日軍佔領上海後，沿長江向南京進兵，12月，南京淪陷。日軍「中支那方面軍」司令官松井石根下令日軍進行「掃蕩」，於是發生了震驚國際的「南京大屠殺」。日軍進入南京後，大肆劫掠、姦淫、屠殺，被擄的官兵、赤手空拳的平民婦孺，或遭集體掃射，或被砍死，為時一週，男女慘死者，據郭廷以《近代中國史綱》一書記載，至少十餘萬人，甚或更多。戰後，松井石根被東京國際軍事法庭判處死刑。執行屠城命令的日軍師團長谷壽夫則被中國南京軍事法庭判處死刑。731部隊為日本從事細菌戰研究之部隊，負責人為石井四郎。731部隊透過活人人體實驗，研製出各種細菌戰劑，包括傷寒、副傷寒、霍亂、細菌性痢疾、炭疽熱、馬鼻疽、鼠疫、破傷風、氣性壞疽等。散佈方式為投放細菌炸彈、飛機噴霧和人工散佈。民國三十年（1941）11月4日，日軍飛機在湖南省常德市上空，散播鼠疫，造成常德居民大量感染鼠疫死亡。此外，在浙江省衢州、寧波、江山、義烏等地，也爆發大規模的鼠疫，許多無辜百姓在日軍細菌戰中染病死亡。抗戰時期，中共八路軍（後改為第十八集團軍）、新四軍等部隊也在華北、華中淪陷區採取游擊戰術，偷襲日軍，被日軍視為「治安上最大之癌」，於是日軍開始進行「治安戰」，組織「討伐隊」，對協助游擊隊之鄉村，一律燒毀。被認為有游擊隊嫌疑者，一律殺戮。中共的「新華日報」稱之為「三光作戰」（殺光、搶光、燒光）。估計在冀東、熱南、平北、平西等地，被殺害者高達35萬人，39萬人被抓為強迫勞動，燒毀房屋292萬間。日軍利用強徵、誘騙等方式，在中國、朝鮮、南洋等地強迫婦女充當「慰安婦」，供日軍蹂躪。慰安婦的來源有四類：一為佔八成的韓國婦女（因日本殖民政府在1943年後以「女子挺身隊」的名義，有組織的徵集朝鮮女性從事慰安工作）；二為日本的職業妓女和少數良家婦女；三為被強迫帶走的中國婦女；四為從東南亞其他國家徵召或拐騙來的婦女。第二次世界大戰期間，被日軍強徵的慰安婦，約在三十萬人左右。根據已發現的文件（如日本國會議員伊東秀子於防衛廳研究所圖書館，發現1942年3月12日由台灣軍司令部發給南方方面軍的三封電報），顯示所需慰安婦之人數與慰安工作之地點均由日軍選定，並給予渡行許可及證明。此外，根據日本中央大學吉見義明教授的調查與研究，顯示慰安所有下列四種類型：軍方直營之慰安所，表面為民營其實是軍方控制管理之慰安所，民營但供軍人使用之慰安所，以及民間之妓院，前三者都與軍方有密切的關係。許多無辜的婦女，便在慰安所中遭受了慘無人道的待遇。