宋元市舶司的職掌，主要有以下數種：接待貢使與招徠外商、外國船隻出入港的檢查、舶貨的抽解與博買、抽博貨物的運送與販賣、發給公憑、禁令的執行、管理華商出海貿易、外國商人的管理等。特殊的任務則有為商舶祈風、為皇室採購日常用品、遇難船隻的救援等。宋元時期海外貿易的進行，頗依賴風力的幫助。船隻的航行主要倚靠東北季風和西南季風，因此宋代市舶司官員才有為往來船舶祈風的舉動，目的是希望船隻航行的順利。祈風活動每年有二次，上半年多在四月，下半年則在十一月，前者為歸航的船隻祈禱，後者為的則是出航的船隻。舉行祈風儀式的地點，泉州地區在西門外九日山上的延福寺，禮儀完畢後並且刻石作為紀念。參加祈風的官員則有知州、知縣、市舶使以及其他市舶司的官員，南宋泉州知府真德秀為此留下了著名的《祈風文》。這種祈風活動，雖然在廟裡舉行，但是宗教的意味淡薄，官府人員藉此為即將出海貿易的商人所作的餞行。到了元代，雖然沒有舉行祈風的儀式，但是為了祈求航海的順利，元朝人特別重視「天妃」(即媽祖)的信仰。航行於海上的船隻，難免會因意外而發生海難。宋哲宗時規定沿海州界的官府必須救助發生海難的蕃舶，若遇到船主不在，政府則代管船上的貨物，等待親屬前來領回，若有人膽敢冒領貨物，則按照宋朝法律處罰。在某次救助發生海難的日本商人時，宋朝官方即曾每人給予白米二升，錢十七界一貫五百文的援助。