源賴朝以鐮倉為統一全國之根據地，乃由於它既有天險，又適合統率多居住於東國之源氏武士以樹立政權的緣故；其後陸續從朝廷取得東海、東山兩道之行政權，又於1185年消滅平氏的勢力之後，獲可於諸國設置地方官（守護、地頭）之敕令，從而能鞏固足以掌握全國政權之基礎，於是其處理家政的機構亦隨之重整，稱為「幕府」。源平之戰後，後白河法皇欲在賴朝與義經之間引起爭端，先授義經朝廷官位，使他和賴朝不和。又令義經征討賴朝，但是由於義經沒有直屬自己的武士集團，所以潛逃到日本東北的奧州。賴朝乃派北條時政赴京都，責問後白河法皇，並獲追捕義經之令，且得以在諸國設總追捕使（即日後的守護）與地頭的權限，武家勢力更進一步。1189年，賴朝命奧羽的藤原泰衡殺死義經，進而又滅泰衡。1190年賴朝上京，晉謁法皇與天皇，被封為右近衛大將。1192年，後白河法皇去世，賴朝被封為征夷大將軍，因其府邸設於鐮倉，故史稱鐮倉幕府。賴朝曾說過：「此為天下之草創」，意指武士階級所掌握的國家始於此時。其實第一個武士階級能掌握國家者應該是平清盛，但是賴朝是全憑武力征服獲得權力的，他也終止了自794年遷都平安京之後持續近四百年之久的貴族政治時代，開始了一直延續到1867年的幕府政治時代。1190年賴朝上京，同時也視察京都與朝廷的狀況，以決定他對朝廷的態度。從表面上來看，朝廷似無設立的必要，但是事實上由於圍繞著朝廷的公卿們仍擁有許多莊園，而他所設立的新守護與地頭還未發生作用，乃對舊勢力採取妥協立場；加上有平氏失敗的前車之鑑，遂決定利用天皇擁有的政治號召力，藉由成立幕府，使他擁有朝廷授權給他統治全國的地位；不採用朝廷「太政大臣」的名義，以避免與公卿們摩擦，又無需在京都受到公卿們的包圍。他遠在鐮倉，指揮朝廷；朝廷在名義上是鐮倉的主人，實際上卻是鐮倉的豢養者。藉由這樣的安排，天皇制與朝廷的組織才能被保持下來，也才有675年後的「大政奉還」與「王政復古」的可能。