三十年戰爭結束後，帶來不少影響，西發里亞條約的簽訂牽動了歐洲國家情勢的變化，首先是戰勝的法國、瑞典是最大受惠者：法國取得了日耳曼西境的亞爾薩斯（Alsace）、麥次（Metz）、斯特拉斯堡（Strasburg）、土耳（Toul）、凡爾登等地；瑞典則取得日耳曼北部的波美拉尼亞（Pomerania）、不來梅（Bremen）、弗登（Verden）、魯根島（Rugen）等地，並且可派代表出席神聖羅馬帝國會議，這意味著神聖羅馬帝國的內政將被其他國家干涉。神聖羅馬帝國與其友邦西班牙的哈布斯堡家族經過此次戰爭的打擊後，勢力大不如前，尤其是西班牙，喪失了原本的海上霸權後，又為了援助同宗的神聖羅馬帝國，耗費了龐大的人力、物力，國勢一蹶不振。反觀戰勝的法國、瑞典則因為獲得不少領土與利益，因而取代神聖羅馬帝國與西班牙成為十七、十八世紀歐洲最強盛的國家。除此之外，三十年戰爭的主要戰場幾乎在神聖羅馬帝國境內，為了報復敵方，兩軍幾乎都採取趕盡殺絕的燒殺策略，不論是新教或是舊教的信仰者，無辜的人民都是戰火下的犧牲品，他們飽受戰火荼毒，流離失所，家園殘破，滿目瘡痍。戰事長達三十年，教育文化事業被迫中斷，對外貿易也趨於停滯，日耳曼人民為此付出了極大的代價。據統計，在三十年戰爭後，日耳曼境內的人口減少了三分之二，六分之五的農村遭受戰火蹂躪，慘況不忍卒睹。除了經濟民生的百廢待興外，為了削弱神聖羅馬帝國的力量，西發里亞條約中特別規定給予帝國境內二、三百個諸侯獨立主權，意即這些諸侯可以自由與外國締約或交戰。如此一來，哈布斯堡家族只不過是日耳曼境內的一個諸侯，神聖羅馬帝國形同虛設，只是一個無權且鬆散的帝國。二、三百個諸侯雖然獲得了獨立主權，但缺少了一個強而有力的中央領導，也延遲了日耳曼的統一。不過，也因為戰爭的慘烈，在戰時便有許多關懷人文的學者希望能組織一個和平機構，以避免殘酷的戰爭與扶助在戰爭中死傷的平民，荷蘭人格羅秀士（Hugo Grotius，1583-1645）是其中的代表。格羅秀士精通國際法，他目睹三十年戰爭期間的悲慘景象，皆起因於新舊教徒彼此仇視，乃極力提倡「宗教寬容」，並在1625年完成《戰爭與和平法律論》（On the Law of War and Peace）一書，呼籲國際間應制定出一種不論戰時或是平時，任何國家都必須遵守的國際公法，而開創了近代「國際法」（International Law）的先河。 三十年戰爭雖是以宗教戰爭開始，但最後卻演變成為政治戰爭，歐洲各國的政治野心暴露無疑，完全喪失宗教原本勸人良善的本質。經慘烈的三十年的戰爭之後，歐洲人終能自省，明白宗教寬容的重要性，使得日後歐洲不再發生宗教戰爭。