1861年，貴州主教胡縛理獲得法國公使所發的“傳教護照”後，乘坐紫呢大轎，肩挂紫帶，頭戴方帽，盛設儀從，前呼後擁，前去拜會貴州巡撫何冠英及提督田興恕。但田興恕本來對洋人就十分不滿，藉口有事不予會見。胡縛理為了此事，很不高興，便向法國公使報告，希望能通過清朝皇帝施加壓力。此項行為激怒了田興恕，便三次派兵查抄教堂，趕走教徒。1861年端午節，貴州人們按傳統習慣，上街 “遊百病”。當百姓經過教堂時，四個教士出來驅趕人群，氣焰十分囂張。田興恕便派人將4名教士綁赴刑場斬首。史稱“貴陽教案”。教案發生後，法國要求懲處田興恕。這使得清廷兩面為難，既希望中外相安，又不想懲處屢屢立下戰功的田興恕。但法國對貴州官府殺害教士的行為無法諒解，堅持清廷嚴懲。最後清廷將田興恕及其幕僚發往新疆充當苦差，對貴州教會賠銀一萬兩千兩，並將田興恕所居住的公廨給胡縛理作為天主教堂，才得以結案。

清初禁教的政策至十九世紀，因西方列強的進逼而解禁。1858年英法聯軍，清朝戰敗，允許傳教士進入中國內地傳教，並且開放台灣府城(安平)、淡水，打狗(今高雄)、雞籠為通商口岸。1860年又允許傳教士在中國各地租買田地及建造教堂。自此天主教傳教士可自由來臺，並可居住在口岸，進行傳教工作。1859年道明會派遣郭德剛(Fernando Sainz)神父等來臺傳教。起初，他們不時受周遭居民及官府的騷擾與阻礙，但傳教工作仍繼續進行。此時期的傳教先從南部開始，繼而擴展到中部及北部地區。1859年12月郭神父在高雄前金建立起第一個傳教據點。1861年屏東萬金(今萬巒鄉)建立傳教據點。1875年彰化羅厝(今埔心鄉)建立中部第一個教會。1887年和尚洲(今蘆洲)開教，為北部第一個教會。據1889年的教務統計，當時全台共有萬金(屏東)、前金(高雄)、山腳(高雄鼓山)、台南、沙崙仔(嘉義)、羅厝(彰化)，及和尚洲等七個天主堂，信徒約一萬人以上。天主教開教模式是先派一位傳教員了解當地民情，如果當地居民友善，就先行租屋，當作道理廳，由傳教員定期講道，經過半年或一年後，再由傳教士神父施洗。當教友漸多時，傳教士即設法建教堂，再以教堂為根據地，向四處傳教。此外，天主教教會也配合台灣民間信仰的習俗，吸引信徒，在重要的教會節慶時，將聖母像抬出遊行，並燃放鞭炮，頗有遶境的味道。

「醫療傳道」是宣教活動中的重要部分。福音的傳入，多半是藉著醫療行為而進行的。雖然一般中國人對傳教士所開的西醫院仍存有相當多的誤解，如認為西洋醫師對屍體解剖、用酒精保存畸形人體發育的標本、或是幫人開刀等，是不軌的行為。但不少貧窮人家只能求助於傳教士醫師。因此，教會仍利用在華的醫療事業來進行傳教活動。起初教會在中國的醫療事業，規模都很小，數量也不多，通常是附設在教堂裡的。1900以後，傳教士對醫療事業更加注重，對原有的醫院擴大規模，並在各地新設醫院及診所。教會醫療事業的經費來源，有一半來自醫院的收入，另一半是靠捐款。早期開設的教會醫院，一般是不收費，目的是要博得好感，大部分全靠捐款維持，例如伯駕醫生(Peter Parker) 在1835年創辦的「博濟醫院」，是中國境內第一個現代化的醫院。伯駕傳教的方法，是在病人手術之前把基督教的小冊子送給病患，向他傳教，手術完之後，又繼續傳教。但後來教會醫院都有收費，只對少數貧病者施醫給藥，條件是必須信仰基督教。傳教士在中國的醫療事業雖然是以傳教為目標，但也把西方的醫術、西藥、醫院制度及醫學教育傳入中國，對中國的醫療事業有相當大的幫助。

民教衝突愈演愈烈，也和基督教義理儀式與中國儒家禮俗衝突有關。中國人對基督教禁止祭祖一事相當不滿。認為不祭祖者，與禽獸幾無差別。而基督教的平等觀念，也讓士大夫不滿。五倫觀念在中國已根深蒂固，君臣、父子豈能平等，簡直無君無父。此外，男女共同參加祈禱、聽道等聚會，讓講究男女之防的中國人，更是難以接受。民教衝突的爆發，「挖眼剖心」、「迷拐幼孩」、「誘姦婦女」等謠言的散播常成為導火線。由於中國社會重男輕女，產生了溺殺女嬰和拐賣男童的奇特現象。而天主教多設有育嬰堂，收養貧困家庭的孩子，尤其是遭遺棄的女嬰。教堂為了多方收養以造公德，會給予送養兒童者金錢補貼，如此卻助長犯罪，拐賣兒童案件層出不窮。而一般鄉民無知迷信，誤以為教會收容嬰兒幼童，是為了挖眼剖心以製作蠱藥害人，因此，一有謠言散佈，立即引起公憤，鄉民相率前往教堂理論鬧事，甚至爆發仇教、打教等激烈流血衝突的 “教案”。

隨著天主教各教會進入中國，各教會或教會內部對中國儒家文化的認識漸漸出現了分歧。其中最引起爭論的，就是中國的祭祖與祭孔活動，究竟是屬於宗教性質，抑或只是中國的禮俗。假使祭祖祭孔的活動是屬於宗教性質，那就違背基督教不崇拜偶像的教義。1628年(崇禎元年)，耶穌會為了解決歧見，便在中國召開會議，達成共識：不把中國的祭祖祭孔活動，當作是偶像崇拜。較晚到中國傳教的方濟會與道明會，對耶穌會在中國傳教的成功既羨慕又嫉妒，加上不贊成耶穌會在中國的傳教方式，因此將對中國的禮儀之爭再度點燃，也使得羅馬教皇對此問題逐漸重視。耶穌會士擔心爭論的結果會影響在中國的傳教，也派員回羅馬為在中國的傳教方式辯護與解釋。最後羅馬教皇於1704年頒佈禁令，嚴禁入教的基督教徒行中國禮儀。教皇頒佈禁令後，派遣使團到中國面見康熙皇帝。康熙皇帝對此禁令極為憤怒，下令只有經過朝廷批准的教士才可在華傳教。多數的教士意識到此舉將會嚴重影響天主教在中國的傳播情形。因此1719年(康熙58年)教宗再度派人來華交涉，希望中國能允許傳教士繼續在華傳教。不過這次的交涉並未成功，傳教士所提出的條件反而惹惱了康熙皇帝，康熙皇帝決定禁止天主教在中國傳教。

耶穌會 ( Society of Jesus )是1504年聖依納爵?羅耀拉( St. Ignatius of Loyola )創立的天主教修會。為了重振天主教教會，耶穌會士不再只住在修院隱修，而是要深入社會，與各階層人民接觸。耶穌會積極響應教皇號召，向海外傳教。當沙勿略(Xavier)想在日本傳教時，發現日本受中國文化影響甚深，因此開始著手入華傳教的計畫，但中國當時禁止外人入華傳教。直至1554年，葡萄牙人取得澳門作為根據地後，澳門成為遠東的傳教中心。不過中國政府只允許在澳門的葡萄牙人可自由信仰他們的宗教，仍嚴禁傳教士入內地傳教。真正第一位進入中國傳教的是巴來多(Barreto)，但也只是在廣州向葡萄牙的水手及士兵傳教。此外，西班牙也一直向中國政府提出傳教的要求，但被婉言拒絕。在中國傳教困難的原因，除了政府的政策外，也和傳教士不會說華語、不懂中國文化有關。故傳教士范禮安(Valignani)便提出學華語的建議，羅明堅(Michele Ruggieri)、利瑪竇(Matteo Ricci)等人，便開始在澳門學習華語。 當羅明堅進入中國，其舉止符合中國禮儀，又說一口流利的華語，獲得中國官員的好感，成為明朝第一個獲准在中國內地居留的傳教士。

法顯，（399?416）東晉高僧，平陽郡武陽（今山西省襄丘縣）人。俗姓龔，三歲為沙彌，二十歲受比丘戒。因感於當時律典的缺乏，乃於晉安帝隆安三年，以六十歲高齡，結伴十人同行，徒步經西域和中亞十國抵達天竺（印度）求法。

達摩祖師原是南印度國的三王子，經般若多羅法師的指點，看破名與利，決心拜師潛佛。達摩在南北朝時來到中國傳布佛法，曾入少林寺千聖山一坐九年，即使拿針戳入身，都不為所動，因此聖名遠播。他倡導「面壁坐禪」以定心性，後世追尊為禪宗祖師。

鴉片戰後，中國於1844年 (道光24年)所簽的中美、中法五口通商章程中，允許外國人在五口建造教堂，中國人若將禮拜堂或墳地觸犯毀壞，地方應嚴拘重懲。同一年，道光皇帝准許中國人至外人建造的天主堂作禮拜、入教，正式廢除了對基督教的禁令。1846年，道光皇帝頒佈諭旨，認為天主教是勸人為善，與其他邪教不同，因此准免查禁，並且歸還康熙年間的天主教教產。道光所頒佈的諭旨，明確規定傳教士的活動僅限通商口岸，仍然禁止入內地傳教。至英法聯軍後簽訂的天津條約中規定，中國有保護傳教的責任。咸豐10年(1860)的中法北京條約，允許法國傳教士在各省租地建造教堂、醫院，中國人民任其信教，地方官須善待保護。條約對天主教的保護，易引起民教衝突，造成教案頻生。雍正禁教後，教堂多被沒收充公，有的已改建，有的是多次易手，要查還相當困難。傳教士仗著條約和外國的勢力，常不顧實情，任意需索，要求會館、書院、廟宇等，應予退還，甚至強迫買賣田地、低價勒索，或強迫官方撥用土地，遭致民間反感。此外，傳教士深入內地傳教，也常攻擊、破壞中國一些傳統習俗，或干預訴訟，使中國社會秩序大受動搖。再者，教民破壞神像、毀壞祠堂，民間酬神賽會演戲時，教民既不出資，又參與觀戲遊樂，讓平民心生不滿。種種民教之間的誤會、衝突，皆在條約保護、內地傳教後一一浮現，教案也隨之發生。

醫學博士馬雅各(Dr.James L.Maxwell)醫師，於1865年5月28日正式受英國蘇格蘭長老教會海外宣道會所派，在臺灣南部的打狗(現今高雄)登陸。和他同來的尚有杜嘉德(Rev. Carstairs Douglas)與威利(Rev.Alexander Wylie)兩位牧師，以及吳水文、陳子路、黃嘉智三位漢人信徒為助手。他們來到臺南府城西門外的看西街租屋，並於1865年6月16日開始設教行醫。後來因為臺灣人以為馬醫生以病人的心肝配藥施醫，或奉耶穌的名念咒挖出死人的眼球等等，遭百姓包圍住所，並以石頭攻擊，官府亦下令他們離開府城，於是被迫到打狗的旗後(旗津)，繼續佈道行醫，成效不錯，並有高長等最初的信徒四人。 1865年11月由英國商人必麒麟(William A. Pickering)帶領馬雅各醫師進入旗山附近的木柵、拔馬和台南附近的玉井、左鎮、崗仔林等平埔族地區傳教而大受歡迎，並設立教會。1867年在埤頭(鳳山)成功的設教。1867年12月13日首任駐臺牧師李庥(Rev. Hugh Ritchie)偕夫人抵達打狗，他是屏東、阿里港、東港及東部教區的開拓者。1868年馬雅各醫師又將傳教中心自打狗移往臺南府城，積極在此進行醫療傳道。 1871年12月10日甘為霖博士(Rev. Dr. William Campbell)來台，來臺傳教47年之久，是澎湖和嘉義教區的開拓者。南臺灣長老教會傳入會被當地人的認同到接受大部分還是因病而得信，因此，醫療傳道是長老教會得以傳入臺灣的關鍵因素。偕叡理博士(George Leslie Mackay)(又稱馬偕)是加拿大長老教會宣教師，是北台灣長老教會最早引進者。他的傳教過程： (1)1872年3月7日抵達打狗，隨即由李庥牧師及德馬太醫師(Dr. Matthew Dickson)由海路來北部。 (2)1872年3月9日登陸淡水並和李庥牧師約定以大甲溪為界，以北區域屬於加拿大長老教會之宣教區。 (3)1872年4月10日於淡水租屋設教(開設淡水教會)。 (4)阿華(嚴清華)為馬偕牧師第一位學生。 (5)1872年9月26日收吳寬裕、王長水、林杯、林孽等人為弟子，並且率領他們經內港(台北)、錫口(松山)、水返腳(汐止)及雞籠(基隆)等地為人拔牙與傳教。 (6)1873年2月9日為嚴清華、吳寬裕、王長水、林杯、林孽等五人洗禮，是北部長老教會的第一批信徒。 (7)1878年5月27日馬偕牧師在淡水英領事館，和五股坑的張聰明(漢人)結婚。