甲午戰爭後，清廷與日本簽定馬關條約，割讓台灣。一八九五年十月日本政府便公佈「官有林野及樟腦製造業取締規則」，其中有關樟腦製造及管理規定，主要仍然承襲清代規定。一八九六年公佈「樟腦營業取締及樟腦課稅規則」，改由殖產部拓殖課撫墾署管轄。一八九八年廢撫墾署，而改由辦務署掌管。一八九九年六月台灣總督府實施樟腦專賣，並於臺北、新竹、苗栗、臺中、林圯埔、羅東等地設置樟腦局，管理樟腦製造與配售等相關事項。一九００年七月臺北樟腦局提升為樟腦總局，其他各局改為分局，並在各地設立督察所。一九０一年台灣專賣局成立，樟腦業務亦併入其中。由於一次世界大戰的影響，樟腦產量銳減。台灣總督府為因應局勢，乃於一九一九年將樟腦改為官督民辦，成立「台灣製腦株式會社」。一九三四年因組織縮併，而解散台灣製腦株式會社，改由專賣局直接經營，以對抗人造樟腦的競爭。一九四一年太平戰爭爆發後，台灣樟腦市場中斷，產量遽降，甚至不及專賣局初成立之時的二十分之一。