素尼派約佔全穆斯林人口的百分之九十，什葉派約佔百分之十，兩派主要不同之處有二：哈里發(穆罕默德的繼承人)如何產生和古蘭經的解釋。首先關於哈里發。什葉派有以瑪目（imamate）的教義，而素尼派則具有哈里發（caliphate）概念。素尼派的哈里發是選出政治兼軍事的領袖，作為先知的繼承人，但並未繼承先知的宗教權，素尼派則認為伊斯蘭的宗教權威是存在於眾人的共識或集體審判之中，也就是傳統宗教學者的共識。什葉派中的以瑪目雖不是先知，但卻是受到真主啟示的宗教兼政治領袖，他的身世甚至可以追溯到先知和第一位以瑪目，他是詮釋真主意志最具權威者，因此他的權力幾乎沒有限制，宗教權威非常集中。素尼派認為先知藉古蘭經啟示真主的律法、指導著人民走向真主，這種先知的角色伴隨他們去世後就該結束。什葉派則認為真主不曾離開他們，所以不用留下指導，他們領袖具有詮釋古蘭經的權力。素尼派認為可蘭經應該照字義詮釋，什葉派則主張可蘭經具有隱含的意義，由先知傳授給阿里。此外兩大派別還有習俗和實務上的差異。在信仰儀式方面，什葉派和素尼派雖然市都信仰伊斯蘭五柱，但在儀式卻有差異，例如什葉派將每次五次的禮拜縮減為三次，於齋戒月時外出旅遊，什葉派也只需禁食半天直到中午即可。再來就歷史詮釋方面。素尼派認為，伊斯蘭早期的成功與權力是真主指導的成果，也是給予穆斯林共同體正確虔誠信仰的獎賞。但就什葉派而言，歷史卻是受到壓迫和剝奪的少數穆斯林共同體，欲努力恢復真主統治而犧牲自我的展現，這種奮鬥要藉由以瑪目領導，什葉派要以真主之道持續奮鬥。最後是關於崇拜聖墓的習俗。素尼正統派反對這習俗，認為這是非伊斯蘭的，什葉派則把聖墓和聖人崇拜一同併入習俗。素尼派認為，真主與人類之間有直接的關係，聖人和學者只是宗教的詮釋者，不是真主和信徒的中介者，所以素尼正統派將崇拜聖墓和聖人之舉當做異端，甚至認為此舉也偏離了唯一的真主信仰。什葉派則認為如果在缺乏以瑪目的情形下，傑出的宗教學者能夠充當最高指導與執行伊斯蘭教法的權威，成為穆斯林行為的楷模（例如：何梅尼雖非以瑪目，但仍被尊為「上大真主示現」，充當為最高指導）。