根據王振國的研究，綜觀近代中醫學校的課程設置，大致形成了基礎課程（包括國文、外文、修身、物理、化學等）、中醫基礎課程（包括《中國醫學史》、《中醫診斷學》或稱《四診心法》或《脈學》、《方劑學》或稱《方論》、《中藥學》或稱《本草》等理、法、方、藥課和《內經》、《難經》、《傷寒論》、《金匱要略》、《溫病》等經典原著課）、中醫臨床課程和西醫課程等四個知識區塊。近代科學教育的特點是教育社會化、規模化、產業化，學校組織嚴密，分工細緻，教學內容要求統一、系統、條理和循序漸進。中醫仿西醫辦校之法開辦中醫教育，也逐漸移植了這些東西，並成為各院校辦學宗旨和編寫教材的基本方針。在這種情勢之下，中國社會和教育的現代化不能不從移植西方文化開始。表現在課程體系的構建上，就是迅速拋棄傳統的知識系統，按照西學的模式去建立新的學科範式。當中國傳統的文化學術知識被分門別類地拆分組合到這一模式中時，中國文化本身具有內在一致性的知識、價值和思維方式，退化為歸於單一的西學模式的抽象知識，基本上喪失了自己的思維訓練、意義傳遞和生成功能。隨著模仿西方教育制度的建立，從西方傳入的近代科學知識逐漸變成教育的核心內容，形成了對中國近代思想影響巨大的「惟科學主義」。作為中國傳統文化的一個重要組成部分，中醫學當然也不能擺脫這種命運。