惲氏改進中醫思想的基本點，是主張必須以中醫學說為主體，立足中醫，以近代科學和醫學加以詮釋。因而，他應歸於溫和的改進中醫論一派。他明確提出：發揚古書精義、採取西醫學說、徵諸實地經驗為改進中醫的三要素，並確實加以施行。惲氏認為中醫療效雖較當時西醫為優，然社會大眾因不明中醫學理，故信西醫者反較信中醫者為多，正如梁啟超所說：「中醫儘能愈病，總無人能以其愈病之理由喻人。」所以，惲氏把「詮明學理」作為改進中醫的首務。惲氏認為，造成中醫古籍難讀的原因有二：「一是因其含意甚深，而文字簡古，又涉及天文，通於易理，絕非尋常業醫者所能領解；二是自古業醫者有守秘陋習，所傳醫書，為妄人倒亂章節，因此多數不易明瞭。」所以，要捍衛中醫，就須將古醫書晦澀之理詮釋明白，使舉國皆能曉喻，然後能伸其說，否則，改進中醫就會成為無源之水。他指出：「古書謬誤處甚多，加以糾正，是我改進醫學所有事，不足為古醫書病也。」他的《群經見智錄》、《傷寒論研究》等著作便是以此為宗旨撰寫的。惲氏認為，改進中醫應設定中醫方藥的真確標準。而「所當急者，在明生理之真相，自當採用西國學說為重要工作之一，因而，他改進中醫的第二步就是兼採西醫之長，與之結合。又提出：「居今日而言醫學改革，苟非與西洋醫學相周旋更無第二途徑。」他所說的「相周旋」既非「舍己從人」，也非「漫然雜糅」，而是取西說與中醫學說相印證，並由此發展，漸與古說相離，形成「不中不西，亦中亦西的新中醫」。這些觀點是符合學術發展規律的。不同學科體系的相互滲透，不僅給科學發展帶來生命活力，觸發新思想和新觀點的誕生，也會產生新的結合部，成為科學的新的生長點。在主張採取西方醫學的同時，惲氏強調指出，採取西國學說「亦不過諸重要工作之一種，萬不可舍本逐末，以科學化為時髦，而專求形似，忘其本來。如但求科學化，非驢非馬，必有大害。」他認為，在兼採西醫學理時應有所選擇，「以生理、解剖、病理、組織各學為最合宜，若微菌學說，則不合用。」所以然者，惲氏認為中醫雖長於治療，但在解剖學、生理學、病理學等方面尚有缺陷，應吸取西醫學的研究成果，加以彌補。至於微生物學，則因當時該學科尚未臻完善，國內西醫在臨床用以分析病因時又不熟練，甚至鬧出笑話，因而不將其列入必要條件。在中醫近代史上，惲鐵樵首先提出中、西醫學的文化基礎不同、體系不同的卓見。在他看來，中西醫學之間不存在是非、優劣關係，因而不存在孰存孰亡的選擇問題。他認為：「西方科學不是學術唯一之途徑，東方醫學自有立腳點。」他強調中醫學的主體地位，使其改進中醫主張避免了廢醫存藥的偏頗取向。雖然其論說亦有牽強、過當處，但其思想主流卻是可資借鑒的。他提出的改進中醫主張，都深中肯切，具有方法論的意義，對中醫學的發展有重要的啟迪作用。