雍正皇帝即位的過程，一直為流傳許多傳說。姑且不論其即位過程是否正當，雍正初期，為了鞏固個人政權統治的穩定，在諸多方面採取了禁止的政策，其中也包括了書院。所以雍正即位之初，朝廷禁抑制書院發展措施重現，雍正皇帝曾經說：「選擇一人為師，如果肄業的人多，勢必會產生藏垢納污的流弊。」可見他對書院的發展存有戒心。雍正十一年(1733年)，清代書院邁向一個發展的新階段。雍正皇帝在該年頒布了一道上諭，其內容肯定了書院對於「興賢育才」有所助益，明令各省省會均需建立書院，要求各省督府「宜殫心奉行。」並且給予經費，各賜帑金千兩，不足部分可從公銀內支用。由此可見雍正帝對書院的態度已經從清初的抑制改為提倡支持了。因此各地官員用心創建書院，例如京師北京成立了金臺書院、山東建濼源書院、河南建大梁書院、四川建錦江書院、貴州建貴山書院、奉天建瀋陽書院等。官方的提倡，帶動了各地創辦書院的風氣。以區域而言，珠江流域成長幅度最大，其次分別是長江流域、黃河流域。清代書院受雍正帝的鼓勵，再度蓬勃發展，卻也帶來了官學化的影響。書院的官學化，開始於元代，到了清代，則是完成了書院官學化的最終階段。清代書院的官學化，表現在以下三個方面。第一，書院的辦學經費由中央及地方政府支援；第二，朝廷直接規定書院的課程、辦學宗旨及條例；第三，書院的院長、教師，由督撫學政禮聘，並要接受三年一次的定期考核。六年之後，根據教學表現優劣，決定出任的官職。可見書院的教諭也成了朝廷的命官。