元代書院傳授的內容以儒家經典及理學家的著作為主。理學家的著作當中，又以程朱理學最受重視，使得理學和書院之間的關係更為緊密。理學為何會與書院密切結合呢？可以從以下兩個方面進行說明。第一，元朝是以外族身分入主中國，許多漢儒學者選擇不出仕，以在野之身講學書院，他們講學的內容多推崇理學；此外，元代出現的新一代理學家，例如趙復、許衡、吳澄、劉因等人，承襲了南宋以來理學家們的作法，在進行理學教授時，很注重書院講學。第二，元仁宗在位期間，程朱理學甚受官方獎勵，明訂朱熹的《四書集注》作為科舉考試的內容，程朱理學成為所有學校的必修教材，所以不論私人書院或官辦書院都必須重視理學。關於書院課程方面，元代著名理學家程端禮制訂了《程氏家塾讀書分年日程》，作為書院教學的規範。程端禮的課程規劃，是按照年齡來規劃讀書的行程：8歲前：《性理學訓》、《童子須知》8歲~15歲：閱讀儒家著名經典，依序為《小學》、《大學》、《論語》、《孟子》、《中庸》、《易》、《書》、《詩》、《儀禮》、《禮記》、《周禮》、《春秋》等書。15歲~20歲：閱讀範圍擴大，仍以相關討論儒家經典的書籍為主，依序為《大學章句》及《或問》、《論語集注》、《孟子集注》、《中庸章句》及《或問》、《論語或問》、《孟子或問》，接著抄讀本經，並依序兼讀《通鑑》、《韓文》、《楚辭》等課程。20歲~23歲：進入應用階段，開始試著學做科舉考試的文章。由於程端禮的課程計畫較有系統，並吸收以往書院教育的內容，廣為各家書院所採用，且影響後代的書院課程。除了理學家的著作外，有些書院也講授蒙古學、醫學、書學、數學等其他學科。例如鄱陽縣鄱江書院設立了「蒙古學」；鄄城縣歷山書院設置了醫學。理學家們視書院為講學的重要場所，不少理學家擔任過書院的山長。例如：楊惟中創太極書院，請趙復講學其中；金履祥於蘭谿縣創立仁文書院，並曾於縣內的齊芳書院、重樂書院進行講學；趙介如，為江萬里門人，為雙溪書院山長；吳澄曾於江寧的江東書院、上饒的白石書院講學；馬端臨曾為慈湖書院與柯山書院山長；袁桷曾任麗澤書院山長；程端禮曾任歷稼書院與江東書院山長。