元代是中國歷史上第一個以異族身分入主中國的朝代。游牧民族治理下的中國，文教措施雖然不盛，但此時期卻是書院發展的繁榮時期。清初學者朱彝尊在《日下舊聞》書裡便談到：「書院之設，莫盛於元。」元代書院的盛行，和官方採取的扶持政策有關，元代書院制度由此產生了新的特色─官學化。元代君主很早就注意到書院的創建，元太宗八年(1236年)在燕京(今北京)創立了太極書院，此時蒙古人尚未消滅南宋，入主中國，卻已經開始在中國境內設置書院了。元朝君主不但創設新書院，也有意保護中國境內舊有的書院。中統二年(1261年)，元世祖忽必烈下詔嚴禁侵犯書院。元朝滅亡南宋之後，更鼓勵各地設置書院。至元二十八年(1291年)明令「先儒過化之地，名賢經行之所，與好事之家出錢粟贍學者，並立為書院。」為了書院運作順利，政府下令保護各地書院原本所擁有的田產。書院若無田產，則由地方官府將轄內的閒田賜予書院。這些作法使書院在經濟上獲得有力支持。另外，元代君主經常為書院進行賜額。就在元朝政府的扶持之下，元代書院顯現出官學化的趨勢。這種官學化的趨勢表現在以下三個方面：第一，書院的主持人(山長)與教師(地方書院直學)皆由政府任命；第二，書院的招生、考試、未來出路，皆由政府管理，書院的生徒如同官學的學生；第三，政府為書院設置學田，同時藉由出租學田來獲得經費辦學，可從經濟上對書院進行控制。然而由於官學化的特性，導致許多書院被納入官學體系，淪為科舉考試的附庸，失去了昔日私人講學的重要功能。