清同治元年（1862年），京師開設同文館、太醫院教習廳設醫學館，光緒24年(1898年)，設立醫學堂，歸大學堂兼轄。至光緒28年(1902年)頒佈《欽定京師大學堂章程》，大學專門分科課目中，醫術列於第七，下分醫學及藥學兩目。京師大學堂為適合醫學專門教育之需要，於1903年規畫一醫學館。光緒33年(1907年)將京師醫學館改為京師醫學專門學堂，中西學科肄業，各以深造有得、切於實用為宗旨。但由於當時中國無論是中醫教育或西醫教育，都缺乏辦學經驗，中央的學部無法具體裁定各門科目教學規程，於是將京師醫學專門學堂學生全部送日本學習，朝廷官辦中醫教育至此暫停。至光緒末年各地出現的中醫社團組織，則為官辦醫學教育的延續及民辦中醫教育之興起。