清代官方醫學教育，設教習培養醫官人才，分為內教習與外教習兩種，各置教習2人，由御醫、吏目中選品學兼優者充任。內教習住在東御藥房，教導藥房的太監學習醫書；外教習負責教育初進太醫院諸生及醫官子弟學習醫學。在醫學科別上，清代曾經歷3次改制，比較重要的是道光二年(1822)，奉旨因針灸之法不適用於治療君主疾病，故太醫院針灸一科遂永久停止。各科教學內容主要是《內經》、《本草綱目》、《傷寒論》、《金匱要略》，以及有關本專科的醫書，後來又增習《醫宗金鑑》，並漸以之為主要教科書。清末由於官辦中醫教育日益衰弱，中醫「以師帶徒」（包括師承與家傳）就成為一種重要的教育形式。例如道光年間的名醫王清任（1768-1831），把他所考證的臟腑圖傳授給徒弟王昭孚。昭孚旅居廣東時，又將之傳給了陳定泰。陳後來收了許多弟子，史稱「從學者每歲數十人，求醫者朝夕踵門如市。」目前可考者就有27人之多，定泰之孫陳珍閣，也繼續收門人授以醫理，皆為當時以師帶徒教育的範例。另外，以師帶徒的教育往往造成某些地方醫學風氣之盛行，或是醫學人才備出、集中的狀態，例如「孟河醫派」（「孟河」是今常州市武進區的一個小鎮）即可視為代表。