宋教仁遇刺身亡後，孫中山主張出其不意，可用武力討伐袁世凱。黃興等認為國民黨實力不足，主張以法律解決，可用彈劾等方式，國民黨內因此意見分歧。1913年4月，善後大借款成立，國民黨要人批評袁世凱更烈。6月，袁將國民黨黨籍三個都督免職，國民黨被迫發動武力討袁，是為「二次革命」。不過，二次革命隨即被袁世凱鎮壓而失敗，孫中山被迫再次逃亡日本。1913年8月，袁世凱認為勝券在握，提請國會提前進行總統選舉，進步黨議員也公開支持，國民黨籍議員則或噤聲，或離京避禍，已如散沙。由於時勢所迫，國會乃於10月先制訂大總統選舉法。10月6日，國會依法進行大總統選舉，候選人只有袁世凱一人，袁世凱卻指使「公民團」數千群眾包圍國會來威嚇議員，沒有選出總統就不能離開。國會議員們在群眾威脅下開始投票，第一、二輪投票，袁世凱都拿不到法定的四分之三同意票數。直到深夜進行的第三輪投票，袁世凱才當選為正式大總統，黎元洪則當選副總統。10月10日，袁世凱正式宣誓就任中華民國第一屆正式大總統。