唐代已有乳香、沒藥、安息香、蘆薈、金錢礬、綠鹽、石硫磺、胡黃蓮、巴旦杏等阿拉伯藥材傳入中國，從阿拉伯傳入的眼科，尤其著名。其後阿拉伯著名醫學家拉齊（西元865-925年）曾向中國學者口述希臘名醫格林（蓋倫）的著作，經轉譯後帶回中國。又因阿拉伯醫藥學水準極高，忽必烈十分重視，遂在中統四年（西元1263年）任命阿拉伯人愛薛掌管西域「醫藥司」，稍後改為廣惠司，再於至元十年（西元1273年）併入愛薛創立的阿拉伯式京師「醫藥院」。就連大都（今北京市）、上都（今內蒙古自治區錫林浩特市南）的「太醫院」，也在至元二十九年（西元1292年）設立「回回藥物院」，專管宮廷醫藥。當時不僅是官方倚重阿拉伯醫藥學，民間更是盛行，諸如杭州有阿拉伯人開辦的醫院，流傳坊間有中譯本的《回回藥方》四卷。