明初在編造黃冊與魚鱗圖冊的同時，並大力推行兩稅法。明初的兩稅法，與唐宋相同，分成「夏稅」、「秋糧」兩項。「夏稅無過八月，秋糧無過明年二月」。繳交之物，大致以米麥為主，稱為「本色」；又允許地方按各地實際生產狀況，以銀、鈔、錢、絹及其他物產代輸，稱為「折色」。明初為了督促地方賦稅的徵收，設立糧長制度，選地方富戶擔任糧長，負責田賦的催徵、經收與解運。不過，明成祖自南京遷都於北京之後，每年自東南運往北方的漕糧達數百萬石，運送任務艱鉅，糧長多有破產者，百姓也視糧長之役為畏途。明朝中期以後，將「民收民解」的運糧制度改為「官收官解」，弊端才逐漸減少。明初在制訂兩稅時，將宋元以來至明初的各種雜稅，如「魚課米」、「魚課鈔」、「牛租」等，併入田賦之中，雖然加重了百姓的負擔，但也簡化了賦稅的項目，不過各地的田賦稅率則差異甚大。一般的稅率是：「凡官田畝稅五升三合五勺，民田減二升，重租田八升五合五勺，沒官田一斗二升。」此一稅率較元代為輕。然而在部分地區，稅率甚重，如蘇州、松江、嘉興、常州、杭州等地，「浙西官民田視他方倍蓰，畝稅有二三石者，大抵蘇最重，松、嘉、湖次之，常、杭又次之。」這種情形被稱為「蘇松重賦」。