自利瑪竇死後，繼任的在華耶穌會會長龍華民，不同意利瑪竇以前容許教民祭祖祀孔的做法，認為不合天主教教義，又反對用「天」或「天主」等詞。明末除耶穌會士外，西班牙多明我會、方濟會的教士也隨之而來。他們許多人都不懂中文，不瞭解中國文化習俗，為了奪取對華傳教的壟斷權，乃攻擊耶穌會士，引起禮儀之爭。崇禎八年（1635年），多明我會派人向羅馬教廷控告耶穌會未果；崇禎十年（1643年），多明我會又派人赴羅馬，對耶穌會提出十七條指控。結果教宗諾森十世（Pope Innocent X）在崇禎十八年（1645年）諭令譴責耶穌會，不准教徒參加祀孔、祭祖的禮儀。耶穌會不服，派衛匡國（Martino Martini）返歐，向教廷申訴。永曆十年（1656年），教宗亞歷山大七世（Pope Alexander VII）重作決定，同意耶穌會方針，謂「教徒在不妨害根本信仰的情況下，可自由參加中國禮儀」。接著多明我會又向教廷詢問1645年的禁令是否取消，教宗克萊孟九世（Pope Clement IX）宣佈1645年和1656年的兩次通令，按所敘實況均有效，視具體情況處理。結果造成西方教士在華播教各行其是的局面。後來，上述禮儀之爭逐漸發展為清廷和教廷之間的公開衝突。本來康熙三十一年（1692年）清廷已發佈了傳教自由令，但次年「巴黎外方傳教會」主教顏璫（Charles Maigrot）卻在他的福建教區，對所有信徒發出嚴禁禮儀的函件共七條。耶穌會士不滿其作法，於是把問題提到康熙帝面前。康熙三十九年（1700年），康熙帝令徐日昇（Thomas Pareira）轉告教宗，提出祀孔祭祖是中國習俗，不含宗教意義。但在康熙四十三年（1704年），教宗克萊孟十一世仍發佈禁行中國禮儀的命令。康熙四十四年（1705年），羅馬教廷的特使多羅奉派抵華。康熙帝初予禮待，後聞教宗禁令之事，遂斥顏璫等「愚不識字，擅敢妄論中國之道」，認為「教化王」無權干涉中國事務，並驅逐反對中國禮儀的教士。康熙四十六年（1707年），多羅在南京宣佈教宗的禁令，警告一切教士，凡違抗者將處以「破門之罰」。康熙則令人傳下「奉旨諭眾西洋人，自今以後，若不遵利馬竇的規矩，斷不准在中國住，必逐回去」。多羅被康熙驅逐出境，並拘禁於澳門，於康熙四十九年（1710年）死於澳門。教宗克萊孟十一世為表示堅決，於1715年發表《自登基之日》（Ex Illa Die）的通諭，重申了1704年的禁令，違者將予嚴懲。康熙五十八年（1719年），教廷派嘉樂（Carlo Mezzabarba）作特使前往中國，請清廷允許教士自由傳教。嘉樂在中國見形勢不妙，乃自作主張，提出八項折衷的條款，許教徒在與教宗禁令精神不相悖的大前提下，對孔子及祖先奉行一般非宗教性的中國禮儀。不過，他的「准行八項」不但未能止息論爭，反而造成空前混亂的狀態。1742年（乾隆七年），教宗本篤十四世（Pope Benedict XIV）實行最後裁決，頒佈《自上主聖意》（Ex quo singulari）的通諭，重申教宗克萊孟十一世的禁令，宣佈嘉樂的「准行八項」無效。於是，這場禮儀之爭遂告停止，而清廷也一再嚴禁傳教，直至鴉片戰爭後才有所變化。