台灣職業棒球大聯盟的成立雖然為台灣職業棒球帶來一番新氣象，不過也對棒球生態造成衝擊。2003年1月13日由體育主管單位行政院體委會主委林德福召集中華職業棒球聯盟與台灣大聯盟代表七人：中華職業棒球聯盟會長陳河東、統一企業董事長林蒼生、兄弟象隊董事長洪瑞河、興農集團總裁楊天發、中國信託董事長林博義、那魯灣股份有限公司董事長陳盛沺、年代電視台董事長邱復生，簽署兩聯盟合併協議書。那魯灣股份有限公司同意解散台灣職業棒球大聯盟，並應允其所屬原有四支球隊精減為兩支球隊，並將兩隊加入中華聯盟。兩聯盟正式合併，並更名為中華職業棒球大聯盟。2003年3月1日（職棒十四年）中華職棒大聯盟在台北市立天母棒球場舉行開幕戰，在滿場一萬多位熱情球迷歡呼聲中，以及陳水扁總統親臨主持開幕儀式下，象徵職棒展開了新的紀元。2004年由誠泰銀行接手太陽隊，並改名為誠泰Cobras隊；La New企業則接手金剛隊，改名為La New熊隊。