康熙末年，臺灣民亂叢生，尤以康熙六十年(1721)的朱一貴事變最為嚴重，因波及的範圍幾遍及全台：台灣府城、台灣、?山和諸羅各縣全被朱氏黨眾攻陷，滿清政府共動員水師17000人，戰船500餘艘，並由閩浙總督覺羅滿保親自到廈門坐鎮指揮才得以告一段落。亂事平定後，雖有部分人士又提「墟台」之議，但因臺灣鎮總兵幕僚藍鼎元以安定人民生活、減少國家財政負擔、防止抗清事件再起等理由強力反對，並以財政、國防、治安等全盤考量，得到閩浙總督覺羅滿保、水師提督姚堂及巡台御史吳達禮的支持與贊同，向清廷奏請置縣，終在雍正元年(1723) ，在原諸羅縣境，劃虎尾溪以北，增設彰化縣及淡水廳（初設時又稱淡水海防廳）。雍正五年(1727) ，清以澎湖為全台門戶，稽查海船、監放兵餉、錢糧倉儲等多為澎湖巡檢之責，但巡檢地位低微，不足以彈壓海疆，故依福建總督高其倬建議改派糧捕通判駐澎湖，即台灣增設一獨立廳－澎湖，至此臺灣府統轄四縣二廳。雍正元年所設之淡水分府，原先是負責稽查北路，兼督彰化捕務，廳治暫設彰化。至雍正九年福建總督劉世明以彰化縣治距大甲溪太遠，而溪北地勢更為遼闊，籌辦錢糧及捕盜事宜全赴彰化辦理實屬不易，故建議大甲溪以北地方一切錢糧、命盜事務一併劃歸淡水同知處理。其後清廷並將廳治移竹塹，使淡水升格為與縣級相等的獨立廳。至雍正末年，再一次的調整行政區劃，使得原本之台灣、鳳山、諸羅三縣的轄區大幅縮小，因諸羅縣分出彰化縣、淡水廳，並割新化里一半給台灣縣，鳳山縣之永寧里、新昌里、依仁里、效忠里，併入台灣縣，台灣縣的澎湖巡檢司獨立為一廳。但是由於台灣各廳縣多以天然屏障為界，而下轄各坊里保庄社與廳縣轄區範圍則無特別記載。