康熙二十二年(1683) ，鄭克塽降清，結束了鄭氏在臺灣二十二年的統治。清廷內部經過一番棄臺留臺的爭議後，決定將臺灣納入版圖，於康熙二十三年設立臺灣府，隸屬福建省分巡臺灣廈門兵備道，下轄臺灣、鳳山、諸羅三縣，其中台灣縣為府城附廓，下設新港，澎湖兩巡檢司；鳳山縣位於南路(今台南市府前路以南)，下設淡水巡檢司；諸羅縣位於北路，下設佳興巡檢司；故各縣下共轄巡檢司四，坊四，里二十六，庄二，社四十六，鎮一，嶼三十六。到了康熙末年時，隨著移民來台者增多，且漢人在台的開拓也愈形興盛。雖已在淡水設分防千總，在大甲以北增設七塘以為防禦，但駐兵之區過大，防禦之兵有限，故一方面阮蔡文建議放棄大甲以北，而諸羅知縣周鍾瑄認為漢人移民之活動地區，已遠離縣治，其後勢必釀禍，故建議進一步在淡水和半線之線另置一縣。由資料中亦可知，其實臺灣縣下轄四坊一十五里一莊及澎湖三十六嶼，鳳山縣則是管轄七里二保六莊一鎮十二社，諸羅縣轄四里九保九莊九十五社。與清領初期的行政區域相比，顯然有往南北兩方向發展的趨勢。