鄭經歿後政局不穩的情況，予以清帝國可趁之機，遂有征台之舉。因而在鄭氏方面乃不時耳聞清軍來犯在即的風聲，遂令水師督修戰船全力整備，以劉國軒為總督駐守澎湖，征北將軍曾瑞、定北將軍王順二人為副，於澎湖修築營壘砲臺。旋又聞清軍欲進攻雞籠，以拊臺灣之背，乃令左武衛何祐為北路總督，以智武鎮李茂為副，守淡水、雞籠，重修西班牙人城堡。其後，劉國軒聽聞施琅取得專征之權，乃加強臺灣、澎湖之防務，以馮錫範為左提督守鹿耳門，並增兵澎湖，總兵力二萬人，兵船二百號，分戍澎湖各要地。鄭、清雙方各嚴防務，整軍備戰，大戰呈一觸即發之勢。