甲午戰敗，中日簽訂的馬關條約規定，日本得於中國通商口岸投資設廠。馬關條約的簽定不但大幅加重清廷的財政負擔，更造成產業利權的大量流失。在甲午戰前，已有外資進入通商口岸，與買辦等中國本地資本合作，用中國人的名義設廠，但此舉並非合法。馬關條約的此一規定，加上享有片面最惠國待遇的各國一體適用，等於全面開放外資在華設立工廠。此後，外商得以使用中國原料、廉價的勞工，使用西方的技術在中國的土地上生產，毋須花費長程運輸成本，直接以低廉的價格傾銷中國市場，造成國貨銷路的重大危機。為了解決利權不斷外流的問題，康有為便在《條陳商務摺》指出，要振興商務，必須「有商學以教之，有商報以通之，有商部以統之，有商律以齊之，有商會以結之」，因此光緒首先下令各省設立商務局，督導地方產業的發展，並成立路礦總局，整頓鐵路與礦務。另外還在北京設立農工商總局，各省設立分局，調查當地實業狀況。雖然農工商總局只存續一個月便被廢除，但是就農工商總局留存的檔案來看，主事的端方等人主張先改革農務，不僅籌辦農務中學堂與京畿農學總會，並計畫發行農學官報以開啟農智，從美日兩國進口農業用具等等。這些計劃雖因變法失敗而化為泡影，但卻成為日後農工商部成立時的重要參考經驗。