明朝初年的中國沿海不時遭受倭寇與海盜的肆虐，因此明太祖不僅實施海禁政策，對外政策亦轉趨消極。然而卻因為海禁政策造成沿海居民生計困難，百姓鋌而走險甚至與海盜合流，明朝政府只得在中後期在開放海洋。另方面日本在豐臣秀吉統一後，也積極向海外發展，一度威脅到澎湖與臺灣，對此明朝採取的對策是派兵駐紮澎湖以增強防備力量。明朝此舉使得走私貿易會合點由澎湖移轉至臺灣島。迄十七世紀二０年代，臺灣變成走私貿易的據點、海盜與倭寇的落腳地。其中，漢人在臺活動最具實力者，當屬嚴思齊與鄭芝龍。鄭氏家族進入臺灣的關鍵為鄭芝龍，他在18歲時便隨著舅父黃程經營海上貿易，並前往日本，娶平戶田川氏之女為妻。當時中國東南沿海海氛不靖，海盜掠奪之事頻傳，因此海外的漢人多互保結盟，當時年紀尚輕的鄭芝龍便與嚴思齊共謀舉事，並深受器重。嚴思齊企圖進攻長崎失敗後，於1621年逃至臺灣，駐紮於今雲林到嘉義一帶。1625年嚴思齊因病去世，由鄭芝龍繼其位。1628年鄭芝龍向明朝投降，將其勢力移至福建。隨著嚴思齊與鄭芝龍相繼經營臺灣後，開始有漢人在臺灣從事開墾，即使後來鄭芝龍離開臺灣，仍有許多漢人繼續在臺灣活動，為漢人在臺灣的農墾事業奠下基礎。