清領時期臺灣書院的生童來源不一，有書院自選的優異之士，也有儒學或義學保送而來。至於生童名額，人數不一，有的書院有限定名額，有的則沒有限定。入學資格亦不一，有專收生員或專收童生者，也有兼收生員與童生。有的書院規定嚴格，有的只要是學區內的童生，均可參加月課。基本上，書院通常於農曆正月甄試入學，二月開館開始考課，至十一月停止月課，十二月初放假準備過農曆年（俗稱散館）。書院修業有兩大中心：一為教學，二為考課。教學通常在講堂中進行，開講前有「開講式」，此等儀式莊嚴。講課後常附以靜坐，使生童能潛思靜默所學。講學以外之時間，生童自行在齋舍排定「讀書日程」，按表自習。書院院長平時居於書院宿舍，與生童共同起居；生童學業遇有疑難，則隨時為之批答；並檢視生童讀書日程之記錄，督導生童功課。考課為書院對生童所做之測驗，測驗成績好者，有一定的獎勵金（稱膏火），此獎勵金數量雖不多，但仍是相當大的鼓勵。當時一般肆業生童全年考課八期，每月官課、師課二期。所謂官課是指監院學官於每月初二、十六出題考課，師課指院長於初八、二十二自行命題考試。其課題於課期兩日前貼講堂前，凡參加者應自購指定之考卷用紙，於課期日內繕謄交卷。考試內容大抵為生員課題四書題八股文一篇、七言律詩一首；生童則為四書題八股文一篇、五言律詩一首。有時會於正課外加課詩賦經論，第分內課、外課、附課。童生分上取、中取、次取。後期加考小課（課以文、詩、詞、歌、賦等古學）八期，有些於每期正課而外，各加經學、詞章兩課，經學每課經解三篇，詞章每課賦一篇、雜體古文一篇，擬體詩或古體或近體，無定首。最後再由師長評閱放榜，依其成績給膏火鼓勵。換言之，書院之教學考課，早期多為應付科舉需要，而以八股文、試帖詩為主，但後期為因應國內外局勢轉變，教學考課則有擴及詩賦經論的趨勢。