清領時期臺灣書院的經費收入主要有兩種：學租與捐款。其中學租是從書院擁有的土地和建物換取者，包括田地、園地、店鋪、魚塭、家屋、蔗廓、水圳等。土地或建物之來源，一為官員、仕紳之捐地或捐款購得者，二為官莊、抄封田地或其他沒入之官有地。一般而言，官設書院的經費多來自官莊、抄封地、官有地、官署公銀或官員私捐，有時地方仕紳也會贊助，如崇文書院、海東書院。官紳合建之書院，則以仕紳捐獻為主、官府輔助為副，如蓬壺書院、白沙書院。民間倡建之書院，則以仕紳捐獻為主，官府偶而予以補助，如英才書院、龍門書院。書院經費之支出，主要以人事費為主。一般人事費包括書院院長的薪俸、津貼與員工薪津。院長的薪俸、津貼常有許多名目，除束脩（束金、脩金）外，還有節儀、聘金、膳金、煙茶雜費、酒席費、來往盤費等。往往財務狀況較好的書院待遇較優，如白沙書院院長年薪六百兩、明志書院三百三十六兩，仰山書院只有一百三十八兩。而除院長薪津外，人事費還包括職工、員工之薪津。但此項支出通常僅佔書院支出的小部分，以學海書院為例，院長薪津四百兩，而其職工禮書僅有四十兩、院丁三十兩，由此可見院長受重視與依賴之程度。書院經費之支出，除人事費外，一般還有獎助金、祭祀費、事務雜費等項目。獎助金是指支給書院生童之費用，包括膏火、賓興、花紅、文具費。膏火是資助生童焚膏讀書的賞金，生童包含童生、生員、監生，這些成員在月課成績表現優異者，多能分享膏火，膏火金額往往視書院經費多寡而定。某種程度上，膏火總額常常超越書院院長薪津，如仰山書院的院長薪津為一百三十八兩，膏火支出確有一百五十兩之多。至於賓興則是資助生員應鄉試，或舉人應會試的旅費；花紅是官課時名列前茅的獎金。另祭祀費則為早晚香燈費、春秋祭祀費、迎聖祭祀費。事務雜費包括書院移建與修補費、院長家具及生童桌椅購置費、課卷費、油燭紙筆費、開館閉館費、捐贈義學基金等。所有書院經費之收支經手，通常由書院人員負責，官府不直接介入過問。