清領時期臺灣書院的組織，依照出現的先後順序，一般分成：一、官憲倡建書院組織；二、官民倡建的書院組織；三、士紳倡建的書院組織。初期的臺灣書院，幾乎都屬於官憲倡建。官府於背後指導之性質很重，後來慢慢出現官民合力倡建的書院與民間自行倡建的書院。所謂官憲倡建的書院，主要是指書院之創設，是由地方行政長官主導，發動官府與民間合資興建，民間士紳雖有出資，但僅應官府之命而已。早期臺灣之書院，均屬此一類型。如西定坊書院、鎮北坊書院、彌陀室書院、竹溪書院、祟文書院、屏山書院、海東書院、中社書院等。官憲倡建而設之書院，其發起人多半為朝廷大員，如當時之靖海侯、郡守、道憲、將軍、知府等。此種官憲，對於書院事務，具有絕對之影響力，在官紳組成的管理階層中，為具備獨斷權力之董事長，支配書院的人事、財務與教務工作。換句話說，書院教育與事務之成敗，完全由官憲負責。書院之主要成員，如院長、總務人員，由官憲指派，直接對官憲負責。在官憲倡建之書院中，除官憲外，主要之成員有院長及監院。凡書院之主講者，總領書院事務、院務者，稱為「院長」（或稱山長）。清廷對院長的任用資格有所規定，首重品格、次求學問。基本上，書院之院長必須是專任而非兼任。但因早期臺灣具有專長之文人士子欠缺，故清廷亦放寬規定，令儒學中之教授、教諭、訓導等兼之。院長主要工作為對書院學童所施以的教學與考課。教學即講書、訓課及批閱作業；考課即考察，一般為月課，日期各書院不盡相同，普通月課兩次：一次稱官課，由政府之官員行之；一次稱師課，由書院院長行之。正因書院山長工作繁多、責任重大，為安定山長生活，使其盡心於書院工作，一般書院對山長多有薪俸及津貼。薪津視各書院財務狀況而定。至於監院，則為負責日常庶務的人員，下有齋長、書辦、號房、院役等輔佐之。大型新式書院還設有經、史、理、文等諸科分校等不一。