十七世紀末，哈佛大學正處於過去濃厚的宗教偏見逐漸退去，轉為由自由神學(liberal theology)及科學、哲學所取代的氣氛下，該校保守的神學家柯頓(Cotton Mather)等離去。1701年10月9日，在康乃狄克殖民地法院通過的《自由建立大學學院法案》(An Act for Liberty to Erect a Collegiate School)，詹姆士?皮埃彭(James Pierpont)帶領的十位基督教公理會(Congregationalist)教士依此法案，於薩柏克（Saybrook）組成大學學院(Collegiate School)。這些被認為是耶魯大學奠基者的公理會教士集合了其藏書，組成為該學校的首個圖書館。其後搬至紐哈芬（New Haven）。1718年，任職英國東印度公司的伊萊胡?耶魯(Elihu Yale)將9捆貨物，出售所得超過560英鎊，將此捐贈該學院，並捐贈417本圖書和一幅英王喬治一世(George I)的肖像。大學學院為表感謝，改名耶魯學院(Yale College)。1887年，更名為耶魯大學（Yale University），亦屬於常春藤盟校。耶魯大學圖書館是美國第二大的大學圖書館，藏書超過1200萬冊，坐落於22座建築物中， 主要圖書館為史德林紀念圖書館(Sterling Memorial Library) 藏有400萬冊圖書、貝尼克古籍善本圖書館(Beinecke Rare Book and Manuscript Library)收藏有最早的活字印刷本古騰堡聖經（Gutenberg Bible）。耶魯大學亦孕育出許多優秀人才，歷屆出了15位諾貝爾獎得主，且自1989年來的歷屆美國總統都是耶魯大學的畢業生。其中有喬治?H?W?布希、柯林頓（其夫人希拉蕊?柯林頓亦畢業於耶魯法學院)和喬治?W?布希。歷屆總統大學的候選人也大多是耶魯的畢業生。