醫學系畢業生參加「醫師考試」，及格便可自行執業，為社區大眾提供醫療服務 (即所謂「基層醫療服務」) 。根據1991年行政院衛生署警政處調查，只有四分之一的畢業生在基層醫療單位執業，而有四分之三的學生仍在醫院服務。這一情形，表示基層醫療服務的醫師呈嚴重不足的現象。住院醫師的訓練著偏重醫院內的專科醫師訓練，過早專業化，缺乏社區化醫院的課程；而專科醫師訓練本身也有專科分佈不均勻的問題。而這些問題則需透過「專科醫師制度」與住院醫師的訓練來逐步改善。衛生署於1988年實施「專科醫師制度」，一方面是為了提高醫師的醫療水準，增進醫學新知，加強醫師再教育，另一方面則希望均衡各科專科醫師人力之分佈，並避免醫師過度專科化，導致基層醫師缺乏的情況發生。「專科醫師制度」由各專科醫學會訂定各專科醫師訓練課程綱要，醫師經完成專科醫師 (稱為住院醫師) 訓練，經專科醫學會甄審合格，而成為專科醫師。每科並訂定專科醫師證書有效期間，期滿必須重新甄審。而最重要的條件則為定期參加「繼續教育」課程，使得各教學醫院及醫學系競相舉行繼續教育課程。住院醫師訓練方面，所謂住院醫師，指的是已具備醫學士或牙醫學士學歷，並已通過醫師執照考試，依科別的不同，接受三到六年不等的專科訓練者，實為畢業後教育的重要一環。2003年3月至6月發生「嚴重急性呼吸道症候群 (SARS)」疫情，凸顯出醫療體系及醫學教育體系的諸多問題。衛生署乃逐漸重視基層醫療導向型課程，並決定自2003年8月起讓全國第一年住院醫師接受「畢業後一般醫學訓練」，希望能導正畢業後醫學教育偏向過度、過早專科化的問題。2003~2006年間該訓練的訓練期間為三個月，2006年8月開始將訓練期間延長為一年。「畢業後一般醫學訓練」由各教學醫院執行，教學醫院須有足夠之專任指導教師，教師必須將大部分工作時間花在受訓醫師的指導上。「畢業後一般醫學訓練」的內容涵蓋基本課程 (包括院內感染控制、實證醫學、醫療品質、醫療倫理與法律)、醫療實務訓練、社區醫學訓練、專科相關選修及全人醫療訓練。訓練目標包括：獲取以病人為中心、社區醫療及群體健康管理、養成醫療決策能力暨倫理判斷能力、完整的解決病患健康問題能力之學習經驗。實施的場所包括病房及門診，由於近年來病患在節省醫療費用的考量下，住院日數逐漸縮短，加以社區基層醫療得不到適當的醫師人力支援的情況下，社區也成為愈來愈受重視的訓練場所。