日治時期的醫學教育機構，共培養一千八百多位的臺灣人西醫師，其中有七百多人畢業自總督府醫學校，包括杜聰明等人。杜聰明（1893─1986）於1909年考入臺灣總督府醫學校。23歲進入京都帝國大學醫學部研究科，並於1922年獲得京都帝國大學的醫學博士，為臺人第一位醫學博士。返臺後出任臺北醫專教授及中央研究所技師，同年創建藥理教室，從事中藥、蛇毒及鴉片的研究。1939年獲選日本藥理學會第13屆會長，時為臺北帝大醫學部教授。1945年出任臺大醫學院院長等職，卸任後，創設高雄醫學院。畢生對藥理學與醫學教育貢獻良多，有數本著作傳世。其他畢業生，例如第一位原住民西醫師南志信(1886─1958)，為卑南族人。1904年入臺灣總督府醫學校就讀，1909年畢業，是第一位接受西式醫學教育，第一位取得臺灣總督府醫官資格的原住民。1910年至1919年受雇於臺東醫院。1920年起任臺東醫院醫官補。任醫官補期間表現傑出，於1925年獲得臺灣總督府授與紳章。1937年後辭去醫官補，在臺東開設南醫院，成為開業醫師。對瘧疾、恙蟲病、皮膚病等有研究，常免費救治貧苦病患。另自1932年起擔任臺東街、廳協議會官派協議會員。謝唐山與孟天成：謝唐山 (1882─1942)，1898年進入臺灣總督府醫學校，以第一名成績畢業。受聘於台北博愛醫院，為臺籍第一位外科醫師，開設順天醫院。孟天成 (1882─1967)，1898年與謝唐山同榜入臺灣總督府醫學校，以第二名成績畢業，留校擔任助教。1910年轉赴中國大連，先後在南滿鐵道株式會社大連醫院和宏濟善堂醫院行醫，其間並進入滿洲醫科大學深造。1916年創辦大連博愛醫院，逐年增建成為東北最富盛名之私人醫院。1922年，孟天成首次發現黑熱病病原，並於1934~1936年間，撰寫黑熱病相關論文十餘篇，於1936年獲滿洲醫科大學醫學博士學位。「醫學校」的畢業生以開業行醫為主，雖然「醫學校」入學資格僅是公學校畢業 (相當於今日的小學畢業)，但也有如杜聰明到日本繼續深造而投入學術研究者。日治中期開始，隨著醫學機構調整，入學資格提高，日治後期的台北帝大「醫學部」招收高校畢業生，「附屬醫學專門部」招收中學畢業生，醫學教育的門檻已較前提升。受專科教育的「附屬醫學專門部」畢業生，以開業行醫、擔任醫院醫師為主；受學士教育的「醫學部」畢業生除了成為開業醫、擔任醫院醫師外，不少畢業生繼續深造，投入醫學研究，並貢獻於戰後的醫學教育。