清代修治大運河，河道除人工開鑿者外，還利用若干段不同水系的天然河道。惟天然河道不時變遷，而黃河每次氾濫或者改道，必然嚴重破壞大運河。且天然河道概屬東西走向，而大運河縱貫南北，河床起伏地降差很大，因此河道工程極為浩繁。清代沿明舊，大致可分為七段﹕一、北京至通州段稱通惠河，漕稱「裏漕」；二、通州至天津段稱北運河，也稱白河、路河或外河，漕稱「白漕」、「路漕」或「外漕河」﹔三、天津至臨清段稱南運河，也稱衛河或御河，漕稱「衛漕」﹔四、臨清至台兒莊段稱會通河，也稱山東運河，共設節制閘四十餘座，故漕稱「閘漕」﹔五、台兒莊至淮陰段是利用黃河，漕稱「河漕」﹔六、淮陰至揚州段稱裏運河，也稱淮揚運河、南河或高寶運河。中經寶應、高郵、邵伯等諸湖，故漕稱「湖漕」﹔七、鎮江至杭州段總稱江南運河或轉運河。又以蘇州為界分為南北兩部分﹕其北段稱丹徒運河，漕稱「江漕」﹔其南段稱浙江運河，漕稱「浙漕」。清代治理運河重點有二﹕一為山東境內會通河，二為江蘇境內裏運河。會通河地處魯中山地，南旺號稱「水脊」，地勢高聳，水源缺乏。明代在戴村築壩，導汶南旺，分水濟運，以解決水源問題，又置水櫃陡(牛)門，以調節水源，節制水流，才保證了會通河的順利通航。但到了清代，水源諸泉多被填塞，會通河淤淺，安山、南旺、馬踏、徽山等湖，逐漸淤澱，或被豪戶侵佔，闢田耕種，以致湖水日少，加以民田灌溉與漕運爭奪用水，更影響蓄水濟運。清代治理會通河，除遵循明代舊例，修築戴村壩，疏浚河道，培護堤岸，引水蓄湖，嚴閘啟閉外，採取了如下措施﹕一、申飭地方疏通泉源﹔二、樹立湖塘封界，禁止侵佔；三、將山東諸湖開浚築堤，或增高培厚原有堤岸，蓄積湖水；四、嚴禁百姓截流灌溉，違者治罪嚴懲。經康、雍、乾三朝連續治理，會通河百餘年暢通無阻。裏運河治理更為艱巨。裏運河北端的淮安與清口，為黃、淮、運交匯之處，上有洪澤湖，下有寶應、高郵、邵伯諸湖，南通長江，東連大海，河道縱橫交錯，地形和水系都很複雜。黃河氾濫，運河必壞。明末清初，河工年久失修，黃河年年氾濫，決口頻繁，以致改道，奪淮入江，河水逆入清口，倒灌洪澤湖，合淮水並力東沖運堤。而江北裏運河一線，黃、淮、湖、運聯成一片，變為澤國，以致運堤崩潰，漕運阻塞。從順治初年至康熙十五年(1676)，治河修運，均乏成效。自康熙十六年，才採取「將河道運道一體，徹首尾而合治之」的方法，籌審治河全局，大修黃、運兩河。在黃、淮、運三條河幹上同時興工，大規模治河修運，並築「雙堤」以限制諸湖之水進入運道，一方面保證運道的通暢，一方面使運河帶上不再頻遭水患。在整治黃、淮河時，同時清除山陽、清河、寶應、高郵、江都五州縣運河河道淤淺，一律開挖深通，修築河岸堤工，堵塞運堤決口三十四處，修建閘壩二十六座及涵洞五十四座，築成清水潭決口東、西堤各一道，開繞西越河即永安河一道。此外，又開爛泥淺引河二道：一自新莊閘西南至太平壩，一自文華寺永濟河頭，南經七里閘轉而西南也至太平壩，並把南運口移至七里閘，兩渠並行，互為月河，俱達爛泥淺，分水十之二來幫助漕運，百分之八十則用來「射黃刷沙」以減少泥沙的淤積。以上各項，三年中次第告竣。康熙二十二年，黃、淮兩河盡復故道。裏運河各項大工完成。 康熙二十五年至二十七年初，以黃河風濤險惡，漕運不便，於宿遷、桃源、清河三縣黃河北岸遙、縷二堤內，挑開三百里中河一道，再改由仲家莊出口，並建雙金閘一座。漕船一出清口，即可截流逕渡北岸，由仲家莊運口進入中河(又稱中運河)，歷皂河、 河北上。自此，中河代替了明代以來的「河漕」，使黃、運分離，避免了黃河一百八十里風濤之險。後來，因中河逼近黃河堤岸，不便築堤，又自桃源盛家道口至清河，棄中河下段，改鑿六十里新河一道，是為新中河。康熙晚期，以新中河河頭彎曲窄淺，漕船行駛不順，故截用舊中河上段和新中河下段合為一河，重新疏浚，仍名中河，並移中河運口於張家莊。至是，中運河才告最後完成。於是，運艘及商民船隻往來通行，安全無險。但是到乾隆晚期，河工日漸鬆弛。黃河多次決口，淤塞運道，清廷不及時修復，而開始藉黃濟運，勉強維持漕運。嘉慶時期，河患日深，幾乎無歲不決，運道淤塞嚴重。道光初年，大運河已處處淤塞難通，幾乎僅存一線河形而已。至咸豐五年(1855)，黃河在河南銅瓦廂決口，改道北徙，穿運挾汶而東，經東阿、歷城，由山東利津入海。大運河長江以北運道，大部被黃河淤塞沖毀，京杭運道斷絕。而後新式交通工具陸續出現，終於取代了運河的漕運功用。