阿克拜死後，他的子孫採取袒護回教壓抑印度教及其他教派的政策，於是宗教衝突又起。傳至奧蘭齊白(Aurangzeb1659-1707年)在位時，由於他信仰回教，實行左袒回教和歧視其他宗教的政策，致引起在印度甚有勢力的印度教徒、錫克教徒等的強烈反對，各地叛變事件隨著就不斷發生。奧蘭齊白過世以後，他的子孫又由於爭奪王位，彼此爭戰不休，十餘年間帝位更迭多達六、七次，綱紀敗壞，而使印度的政局更趨紊亂。自此以後，印度各地豪強據地爭雄，彼此交兵，連綿不斷的內戰，歐洲人利用這種衝突而發動侵略。蒙兀兒帝國因內憂外患交迫而日益衰落，終於西元十九世紀為英國所滅。