元代在路、府州、縣三級制之上，又設置「行中書省」（簡稱「行省」），各行省距省會較遠的地區，又設各道宣慰使司，使得地方行政架構變成四級乃至五級制。此外，漢人擔任的地方長官權力有限，實權掌握在蒙古人擔任的「達魯花赤」手中。路府州縣皆有「達魯花赤」，意為鎮守使，由蒙古人充任。行中書省：腹裏之外，有11行中書省（陝西、甘肅、遼陽、河南江北、四川、雲南、湖廣、江浙、江西、嶺北、征東），行省長官有丞相（不常設）、平章政事2員、左、右丞各1員、參知政事2員。各行省距省會較遠之處，設各道宣慰使司，例如四川有四川南道，湖廣有湖南道。行中書省及各道宣慰使司之下，為各路總管府。路總管府之中，蒙古人任達魯花赤，漢人任總管，回回人任同知，大權操於達魯花赤的手中，漢人官吏的權力有限。各路總管府之下為府、州，府、州的長官，蒙古人為達魯花赤，漢人為府尹、州尹，回回人為同知，權力同樣操於蒙古人之手。府、州之下則為縣，縣的長官，亦以蒙古人為達魯花赤，漢人為縣尹，下有縣丞、主簿、縣尉等官。部分地區的府、州之下不設縣，府、州即為最下級的行政組織。少數民族地區設宣慰使司、都元帥府、宣撫司、安撫司、招討司、元帥府，多由當地酋長充任宣慰使、都元帥、宣撫使、安撫使、招討使、元帥等官。此外，吐蕃地區，由中央的「宣政院」直接統轄。宣政院所轄之吐蕃地區，分設吐蕃等處（朵思麻）、吐蕃等路（朵甘思）、烏思藏納里速古魯孫三路宣慰司都元帥府，宣慰司下轄安撫司、招討司、宣撫司、元帥府、萬戶府等，官員多由當地僧俗首領擔任。