馬關條約簽訂後，清政府在一八九五年五月二十日，解除唐景崧台灣巡撫的職務，下令回京，同時大小文武官員即刻內渡。此時，布政使顧肇熙、台灣鎮總兵萬國本、台灣道陳文騄等人相繼內渡。台灣民主國成立後，唐景崧隨即下令各地官員，令其三日內准予內渡，以五月二十七日為限，若逾時求去，則以軍法論處，官員留任者予以錄用，並加倍發給薪俸。台灣省的十八位地方首長，只有新竹知縣王國瑞、宜蘭縣知縣、基隆廳通判方祖蔭、南雅廳通判宋維釗、苗栗縣知縣李烇、台東直隸州知州胡傳等六人留任，而台東直隸州知州胡傳，因位處偏遠，在接到內渡令後也立即內渡離台，而前來協防的福建提督楊岐珍等官員也率兵內渡。大部分在台的高級官吏並沒有留在台灣參加抗日戰爭的想法，所以在日軍登陸之前，台北已有許多富豪、仕紳逃往中國。日軍登陸後，林維源、陳季同等官紳相繼內渡。日軍入基隆後，直陷獅球嶺，唐景崧見狀乃逃往淡水，藏匿於德忌利洋行中，隨後乘德船鴨打號離台，潛回中國。領導人物遁逃，導致台灣陷入混亂，潰兵四出，劫藩庫、焚撫署，趁火打劫案件接連發生。到八、九月間，內渡人數已達兩千多人。內渡的富紳多數在中國有親戚或者在中國有財產，至一八九五年十月，具功名的仕紳約有十分之一內渡。根據統計，內渡者主要以仕紳、富豪等社會中上層為主。而根據馬關條約第五條的規定，兩年內台人得自行決定去留，所以除了一八九五年的內渡風潮外，一八九七年定籍期限屆滿前後，又掀起一波台人內渡潮。