由於西班牙人想要讓雞籠（今基隆）和淡水成為國際貿易中心的目的，一直沒有實現，而前往日本傳教的機會又屬渺茫，所以西班牙人對台灣北部的經營越來越沒興趣，轉而重視對菲律賓方面的經營。1635年6月哥爾奎拉（S.H. de Corcuera）任菲律賓總督，得知對日貿易已不可能的消息後，認為佔領台灣已經不是十分重要，加上菲律賓南部回教徒反抗西班牙人的活動，便於1638年下令拆毀淡水城堡，調淡水城堡的駐軍回菲律賓，並減少雞籠的駐軍，以支援菲律賓的西班牙軍隊，到1640年為止，雞籠守軍大約只剩400名。在西班牙人佔領台灣北部的期間，荷蘭人雖想將之逐出台灣，但都未成功。1641年葡萄牙和西班牙結盟後，對荷蘭人構成嚴重威脅，荷蘭人便決定將西班牙人逐出台灣。1642年8月，台灣的荷蘭長官杜拉第紐斯（Paulus Traudenius）派哈勞哲（Henrick Herrousee）為指揮官，率領船艦、軍隊向雞籠出發，8月21日荷蘭軍隊向雞籠的西班牙守軍發動攻擊，因為西班牙守軍只有300多名，遠不及荷蘭軍隊的670人，於是於8月26日向荷蘭投降，荷蘭人終於將西班牙人逐出台灣。