後藤新平得以就任殖民地台灣的民政長官，主要是因為他提出鴉片的漸進論受到日本朝野重視，引導日本政府對台的施政方向。台灣吸食鴉片的歷史悠久，日本佔領台灣前夕，清國的李鴻章即向伊藤博文提及台灣人抽鴉片的問題。清日甲午戰爭結束不久，後藤新平做完檢疫事務復職衛生局長之後，日本國內正因為台灣的鴉片問題，引起「嚴禁論」和「非禁論」的衝突，議論沸騰意見紛歧。針對鴉片的問題，後藤新平主要站在「漸禁論」的立場，他於1895年12月向內務大臣芳川顯正提出「關於台灣島鴉片制度之意見」，建議：一、鴉片頗具魅力，不可能突然加以嚴禁，宜採漸進的方式；二、鴉片和菸草均宜由政府專賣；三、鴉片進口稅有80萬圓，將來若具有禁止稅的意義，可將賣出價格提高至3倍；四、將出售鴉片所得的240萬圓用於台灣的殖民衛生用途。這些建議被內閣採納，交給台灣總督樺山資紀執行。1896年4月，台灣總督府延聘後藤新平擔任衛生顧問，這是後藤新平參與台灣事務的開始。