入關之前，清朝即有類似宰輔的制度。太祖時，曾經設置理政聽訟大臣五人。太宗時，設置文館，命儒臣翻譯典籍，記注滿州政事。在大臣寧完我的建議之下，採取「參漢酌金」的方針，吸取漢制依照清朝的需求加以調整轉化，因此仿行明代中央政制，設立六部。天聰十年（1636）改文館為內國史院、內秘書院、內弘文三院，各設大學士一人。內國史院掌記注詔令，編纂史書，草擬表章，相當於修史的史館。內秘書院負責與外國往來的文書以及皇帝的敕諭，職掌類似內閣；內弘文院負責記注歷代行事善惡，進講御前，侍講皇子並教導親王，相當於翰林院。內秘書院所司事務較能與皇帝接近，受其信任，擁有較大的權力。凡是大臣的章奏，由大學士轉達，並且和諸貝勒大臣共議國事，傳宣政令，至於出使、招降等臨時差事，也多由大學士充任。由內三院的職掌來看，相當程度上仿效了明代內閣和翰林院，並且將其職掌加以雜揉。簡而言之，內三院可以說是清代內閣的前身。入關以後，攝政王多爾袞採取滿漢分治的政治方針。因此，在朝廷之中也採取滿漢官員並置的作法。內三院設置滿漢大學士，兼領各部尚書銜。其後又改內三院為內閣，大學士改加殿閣大學士，別置翰林院官，軍國要事，皆歸於內閣。聖祖（康熙）時曾一度罷內閣，恢復內三院制。但是考慮到此時清朝已與在遼東地區的情勢有所不同，舊規已不合時宜，於是又改內三院為內閣，置內閣大學士，滿漢各二名，以滿人為首輔。清朝雖然承襲明朝之舊，但是與明制有幾點不同：一、明代殿閣大學士為閣臣官職本名，例如文淵閣大學士，內閣大學士是通稱；清代是以內閣大學士為本名，殿閣大學士則是加銜。二、明代尚書、少保、少傅為本官，大學士則為兼領之官，因此有明一代，大學士不出五品；清代以大學士為本官，秩正一品，六部尚書為兼領，因此清朝內閣大學士在法理上即是最高首長。三、明朝內閣大學士有首輔、次輔之別，清朝亦有之，不過並不嚴格，世宗（雍正）之後，並增設協辦大學士，以尚書兼領。