神經與記憶的知識是西醫傳入中國後最受重視的身體生理功能。利瑪竇曾言：「上品名曰靈魂，即人魂也。此兼生魂、覺魂，能扶人長養，及使人知覺物情，而又使之能推論事物，明辨義理；人身雖死，而魂非死，蓋永存不滅者焉。凡知覺之事，倚賴於身形。身形死散，則覺魂無所用之，故草木禽獸之魂，依身以為本情，身歿而情魂隨之以殞。若推論明辨之事，則不必依據於身形，而其靈自在；身雖歿，形雖渙，其靈魂仍復能用之也。」故上品之靈魂，與人的心智活動有關，是一形而上的概念。還有清初回族學者劉智，被譽為「既精西學，又通諸家中西異同。」他融合程朱心性學說、伊斯蘭宗教教義、佛教道教理論及阿拉伯醫學的解剖知識和中醫學說，寫成《天方性理》一書。書中不乏對西洋醫學的認識，劉智當時已清楚說明腦為人體「總司」的地位了。不過，劉雖極言「通身表裏，皆關係乎腦」，但謂「靈明之府」和「靈氣」之所出仍是一個人的心臟；論述仍與現代認知的腦知識有相當程度的差異，不過，如果更深入考其著作，可發現劉對腦的認識已開始將腦的功能分類，定於腦前、腦中、腦後等功能分工。論者以劉智的大腦機能定位論要比西醫的定位觀還要早上兩百年。其他受西醫腦說影響的中醫學者，為大家所熟知的，例如李時珍在《本草綱目》「辛夷」其主治條下有載：「五臟身體寒熱，頭風腦痛」、「腦為元神之府」等語。汪昂（1615—？）則是另一顯例，他受了明末信奉天主教的學者金聲（字正希，1598—1645）之影響，在他的《本草備要》中言：「吾鄉金正希先生嘗語余曰：『人之記性皆在腦中，小兒善忘者，腦未滿也，老人善忘者，腦漸空也。凡人外見一物，必有一形影留於腦中。』昂思今人每記憶往事，閉目上瞪而思索之，此即凝神於腦之意也。」也是一例。只是他們的說法，也僅能代表腦知識被某種程度的吸收了，但卻對傳統中醫理論沒有太大的影響。